如果樣本有幾百個，怎么批量輸入啊？
snakemake 轉錄組上游pipelinetrim-galore + hisat2 + featureCounts
發簡信
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SAMPLES如果有很多樣本，怎么批量輸入呀？
snakemake -- 學習
snakemake document[https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/tutorial/basics.html#step...
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如果id 有很多文件，怎么批量輸入呀？
RNA-Seq raw2fpkm pipeline (snakemake)
前幾天，幫師妹分析轉錄組數據，由于她只需要FPKM，并且我剛好在學snakemake，就試著用 snakemake 寫了一個簡單的從 raw data 到 FPKM 的流程。...
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Install metawrap-envmetawrap更新使用menba安裝速度更快！ Github: https://github.com/bxlab/metaWRAP[https://github.com/b...
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樓主，請教一下怎么批量下載呀？
【SV分析】01怎么下載物種的contig數據
因為小編之前做過一段時間的SV分析，所以想在此分享一下做SV分析的過程。 今天先介紹如何下載物種的contig數據？這是SV分析的第一步。 這里我用Chimpanzee作為例...
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linux shell中for循環，如何讀取整一行
在處理一個多行數據的過程中，使用for循環去讀取每行數據，結果發現輸出是 shell中for循環的默認分隔符是：空格、tab、\n 一、若shell for 循環以\n作為分...
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本科畢業于浙江大學，碩士畢業于復旦大學，浙大讀博ing。<br>如果沒有及時回復可以發送郵件：jlyq617@gmail.com
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Linux三劍客（awk-4）-awk的模式（pattern）
朱雙印——awk從放棄到入門（6）：awk模式 我們之前一直在提，awk的使用語法如下： 對于options（選項）而言，我們使用過-F選項，也使用過-v選項； 對于Acti...
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生于憂患，死于安樂。
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【RNA-seq自學08】數據分析之表達定量 featureCount 、表達矩陣featuresCounts 軟件用于定量，不僅可以支持gene的定量，也支持exon, gene bodies, genomic bins, chromsomal loca...
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宏基因組研究工具 | 小鼠腸道宏基因組目錄(iMGMC)
近日，來自德國的研究人員在《Cell Reports》雜志發布了一個宏基因組研究的綜合資源：小鼠腸道宏基因組目錄(iMGMC)，為宏基因組研究提供高度集成的數據資源，并促進分...
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【宏基因組入門教程】（一）
最近接手了宏基因項目，會在之后接著發一系列的宏基因組入門教程，學習資料大概來自國外的教程。感謝Harriet Alexander, Phil Brooks, C. Titus...
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基因集富集分析(GSEA)及其可視化1 什么是GSEA 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是是一種計算方法，用于確定事先定義的一組基因是否在不同的樣品中差異表...
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2022-05-24如何快速從基因組中提取基因、轉錄本、蛋白、啟動子、非編碼序列？
NGS基礎 - GTF/GFF文件格式解讀和轉換這篇文章有讀者留言想要提取外顯子，內含子，啟動子，基因體，非編碼區，編碼區，TSS上游1500,TSS下游500的序列。下面我...
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根據GTF畫基因的多個轉錄本結構
外顯子和內含子是轉錄本上面的概念，是基于轉錄這個行為的定義。 而5端UTR區域和CDS區域，還有3端UTR區域,是基于翻譯這種行為的定義！ UTR（Untranslated ...
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RNA-seq：STAR 軟件比對（SLURM遞交系統）
索引構建 構建好索引后，第一次比對 構建二次比對的新索引： PSSTAR緩存文件太大，7TB空間run 190個RNA-seq都吃不消，還是用For循環來做。
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SLURM 資源管理系統
在上一篇中我們簡要介紹了 LSF 作業管理系統，下面將介紹 SLURM 資源管理系統。 簡介 SLURM （Simple Linux Utility for Resource...
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不做無條件咨詢，見諒
