近日，來自德國的研究人員在《Cell Reports》雜志發(fā)布了一個宏基因組研究的綜合資源：小鼠腸道宏基因組目錄(iMGMC)，為宏基因組研究提供高度集成的數(shù)據(jù)資源，并促進(jìn)分類學(xué)、功能學(xué)以及小鼠腸道和其他生態(tài)系統(tǒng)群落結(jié)構(gòu)的深入探索。
為什么要構(gòu)建iMGMC？
微生物組研究需要綜合資源?
宏基因組和16S rRNA擴(kuò)增子序列分析通常使用單獨(dú)的基因組目錄、16S rRNA數(shù)據(jù)庫和宏基因組組裝基因組（MAGs）數(shù)據(jù)集，然而，這種方法降低了基因序列的分類學(xué)分辨率。
研究人員結(jié)合實驗室和野生小鼠的數(shù)據(jù)，整合了一個綜合資源：小鼠腸道宏基因組目錄(iMGMC)，將顯著提高基于序列研究的分辨率。iMGMC由298個公開的和新測序的宏基因組樣本構(gòu)建，包括460萬個獨(dú)特基因和660個MAGs，其中485個MAGs與重建的全長16S rRNA基因序列相連接。
iMGMC能做什么？
優(yōu)化微生物組分析
改善功能預(yù)測：通過MAGs與16S rRNA基因序列的連接，構(gòu)建了小鼠腸道菌群的PICRUSt優(yōu)化模型（PICRUSt-iMGMC），將原始PICRUSt算法與iMGMC數(shù)據(jù)結(jié)合使用。
揭示未知物種分類：iMGMC使小鼠腸道菌群的覆蓋率和分類學(xué)分辨率達(dá)到前所未有的水平。研究人員將898個宏基因組測序單獨(dú)樣本的組裝數(shù)據(jù)整合至iMGMC，得到的MAGs覆蓋1296個種，其中超過88％是潛在的新物種。
揭示小鼠菌群的特定微生物和功能多樣性：揭示了數(shù)百種小鼠微生物群落物種，且在小鼠腸道中發(fā)現(xiàn)的大多數(shù)菌群都是特有的。
此項研究中新增原始測序數(shù)據(jù)已存儲在NCBI的BioProject數(shù)據(jù)庫，項目編號PRJEB32890；研究中分析或生成的數(shù)據(jù)集可在https://zenodo.org/record/3631711獲取；使用的代碼可在GitHub存儲庫中找到https://github.com/strowig-lab/iMGMC-1。
首發(fā)公號：國家基因庫大數(shù)據(jù)平臺
參考文獻(xiàn)
Lesker T R, Durairaj A C, Gálvez E J C, et al. An Integrated Metagenome Catalog Reveals New Insights into the Murine Gut Microbiome[J]. Cell Reports, 2020, 30(9): 2909-2922. e6.
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