featuresCounts
軟件用于定量，不僅可以支持gene的定量，也支持exon, gene bodies, genomic bins, chromsomal locations的定量。
featureCounts 需要兩個輸入文件：
1）reads的比對情況，這種信息通常都用BAM/ SAM文件來存儲
2）區間注釋文件，支持兩種格式
安裝
conda install subread
運行
featureCounts?-p?-a?00ref/Araport11_GFF3_genes_transposons.201606.gtf?\?#注釋文件
-o?our_counts.txt?\?#輸出文件
-T?6?-t?exon?\
-g?gene_id?sample*_Aligned.sortedByCoord.out.bam?#對這部分文件進行定量
運行結果：產生兩個文件out counts . txt和out_ counts.txt.summary
featureCounts運行
查看out counts . txt文件，里面包含有geneid，染色體位置，基因起始結束的位置以及基因的count數
out counts . txt
表達定量結果轉換為表達矩陣
#構建矩陣
rsem-generate-data-matrix?*.genes.results?>?output.?matrix
矩陣輸出結果
#刪除未檢測到表達的基因（剔除表達量為0的基因）
awk?'BEGIN{printf"geneid\ta1\ta2\tb1\tb2\n"}{if($2+$3+$4+$5>0)print?$0}'
out.matrix?>?deseq2_input.tx
結果：查看文件的行數，刪除未檢測到表達基因的行數
###查看文件的行數
wc -l output.matrix
wc -l deseq2_input.txt
