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linux shell中for循環(huán)，如何讀取整一行
在處理一個(gè)多行數(shù)據(jù)的過程中，使用for循環(huán)去讀取每行數(shù)據(jù)，結(jié)果發(fā)現(xiàn)輸出是 shell中for循環(huán)的默認(rèn)分隔符是：空格、tab、\n 一、若shell for 循環(huán)以\n作為分...
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Linux三劍客（awk-4）-awk的模式（pattern）
朱雙印——awk從放棄到入門（6）：awk模式 我們之前一直在提，awk的使用語法如下： 對(duì)于options（選項(xiàng)）而言，我們使用過-F選項(xiàng)，也使用過-v選項(xiàng)； 對(duì)于Acti...
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【RNA-seq自學(xué)08】數(shù)據(jù)分析之表達(dá)定量 featureCount 、表達(dá)矩陣featuresCounts 軟件用于定量，不僅可以支持gene的定量，也支持exon, gene bodies, genomic bins, chromsomal loca...
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宏基因組研究工具 | 小鼠腸道宏基因組目錄(iMGMC)
近日，來自德國的研究人員在《Cell Reports》雜志發(fā)布了一個(gè)宏基因組研究的綜合資源：小鼠腸道宏基因組目錄(iMGMC)，為宏基因組研究提供高度集成的數(shù)據(jù)資源，并促進(jìn)分...
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【宏基因組入門教程】（一）
最近接手了宏基因項(xiàng)目，會(huì)在之后接著發(fā)一系列的宏基因組入門教程，學(xué)習(xí)資料大概來自國外的教程。感謝Harriet Alexander, Phil Brooks, C. Titus...
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基因集富集分析(GSEA)及其可視化1 什么是GSEA 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是是一種計(jì)算方法，用于確定事先定義的一組基因是否在不同的樣品中差異表...
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2022-05-24如何快速從基因組中提取基因、轉(zhuǎn)錄本、蛋白、啟動(dòng)子、非編碼序列？
NGS基礎(chǔ) - GTF/GFF文件格式解讀和轉(zhuǎn)換這篇文章有讀者留言想要提取外顯子，內(nèi)含子，啟動(dòng)子，基因體，非編碼區(qū)，編碼區(qū)，TSS上游1500,TSS下游500的序列。下面我...
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根據(jù)GTF畫基因的多個(gè)轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)
外顯子和內(nèi)含子是轉(zhuǎn)錄本上面的概念，是基于轉(zhuǎn)錄這個(gè)行為的定義。 而5端UTR區(qū)域和CDS區(qū)域，還有3端UTR區(qū)域,是基于翻譯這種行為的定義！ UTR（Untranslated ...
