發簡信
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T細胞培養基選擇博士課題換到了腫瘤免疫相關方向，涉及到T細胞培養的問題，簡單查了下發現用的培養基五花八門，用實驗室級別的也有工業GMP生產用的培養基，一時不知如...
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單細胞轉錄組之使用CellChat 對多個數據集細胞通訊進行比較分析1. 數據的準備 2.預測細胞通信 在比較多種生物條件下的細胞-細胞通信時，可以得知細胞通信是否增強；細胞類型顯著變化之間的相互作用；不同條件下...
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單細胞轉錄組之使用CellChat對單個數據集進行細胞間通訊分析1.CellChat對象的創建、處理及初始化[#1cellchat%E5%AF%B9%E8%B1%A1%E7%9A%84%E5%88%9B%E5...
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單細胞轉錄組之轉錄調控網絡分析課程筆記施工中。。。。。 1.SCENIC簡介 目前單細胞轉錄組領域用的比較多的細胞聚類方法大多是直接從基因表達矩陣推斷，但是對于多樣本合并分析...
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單細胞轉錄組之擬時序分析1.數據的準備 1.1選擇想要進行時間軌跡分析的seurat亞群,，并將亞群提取出來 1.2 創建CellDataSet對象及monocle標準...
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單細胞轉錄組之monocle標準流程及不同包間對象轉換1.利用已有的Seurat對象轉換為CellDataSet對象 加載之前seutat標準流程跑完的數據，如果沒有可以走一遍流程，教程點我[htt...
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基因集富集分析(GSEA)及其可視化1 什么是GSEA 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是是一種計算方法，用于確定事先定義的一...
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seurat單細胞數據處理小技巧1 亞群合并 當有幾類亞群同屬于某類細胞時，比如CD4+ T細胞和CD8+ T細胞均屬于T細胞，想要將他們合并在一起時，可以使用此代碼。 推薦使...
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單細胞轉錄組之Seurat包全流程-數據過濾、降維分群及可視化1.Seurat包的安裝及數據的準備 1.1 加載需要的包和數據 1.2 創建Seurat對象 對于之前從CellRanger得到的比對結果，讀...