Linux_conda

? ? ? ?生信起步第三站，Linux小姐姐的店鋪--conda。

去店鋪的必經之路---bzip2

? ? ? ? bzip2是一個無損壓縮軟件，能夠進行高質量的數據壓縮，能夠把普通的數據文件壓縮10%至15%，壓縮的速度和解壓的效率都非常高！是Linux處理生信數據的必備之物。

• 查看是否有bzip2
  bzip2
  
  查看是否安裝bzip2
• 安裝bzip2
  yum install -y bzip2
  
  安裝bzip2

店鋪展示---conda

1.店鋪歷程

• 了解
  ? ? ? ? Conda 是一個開源的軟件包管理系統和環境管理系統，用于安裝多個版本的軟件包及其依賴關系，并在它們之間輕松切換，是目前最流行的 Python 環境管理工具。
• 下載
  ? ? ? ?搜索miniconda官網，根據電腦配置需要進行下載。
  miniconda主頁下載區
  
  
  下載的腳本文件

• 安裝
  建立biosoft目錄→在biodsoft目錄下用wget命令安裝下載的腳本文件
  wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  
  進入biosoft安裝miniconda
  
  進行不成功則采用bash運行安裝
  _{（必須要看到成功代碼顯示，否則只是完成下載，保存文件并不代表安裝成功，激活時會報錯）}

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
……
Do you accept the license terms?[yes|no]yes ，回車

minconda安裝成功

• 激活
  source ~/.bashrc
conda
  

  激活conda

• 添加國內鏡像
  1）目的：增加軟件下載速度=提速
  2）原因：就是A國軟件管理器無法默認從A國以外網站下載東西，conda即是這種東東
  3）鏡像：=拷貝數據到別的地方
  4）鏡像站：把一個互聯網上的網站數據“拷貝”到本地服務器，并保持本地服務器數據的同步更新。國內為清華大學開源軟件鏡像站 （數據好多?。?！小白自己看的話真的看不懂，直接找代碼比較善良）。
  終端鍵入：

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

2.店鋪運行

• 查看列表
  conda list
  

  查看列表

• 搜索軟件-數據指控軟件
  conda search fastqc
  

  搜索數據指控軟件fastqc

• 安裝軟件
  自動安裝：conda install fastqc -y
  

  自動安裝fastqc

  非自動安裝：conda install fastqc
  

  非自動安裝fastqc

• 卸載軟件
  conda remove fastqc -y
  

  卸載fastqc

3.店鋪環境

conda 環境:就是大店鋪里很多一樣的小房間，可以放置不同的主題貨品。

• 查看
  conda info --envs_{(運行中顯示只有一個環境，默認為base)}
  

  查看環境

• 建立新環境
  conda creat -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
  _{（建立一個環境，名字叫rna-seq，指定python3版本，同時自動安裝軟件fastqc和trimmomatic）}
  

  建立新的環境
  
  
  建立成功.png
  
  conda info --envs_{(多了一個環境，但小*沒有指定新建環境)}
  
  建立新環境后查看環境.png

• 激活新環境
  source activate rna-seq_{(成功的標志：小*移下去了)}
  

  運行rna-seq

• 運行新環境中的軟件
  在rna-seq環境
  鍵入trimmomatic
  

  嘗試運行trimmomatic
  
  鍵入fastqc
  
  嘗試運行fastqc

• 卸載新環境中的軟件
  conda remove -n rna-seq fastqc -y_{（在rna-seq環境里卸載）}
  

  刪除rna-seq 中的fastqc

• 卸載新環境
  source deactivate_{(卸載環境首先要退出此環境，即退出rna-seq環境)}
  conda remove -n rna-seq --all
  

  退出并卸載rna-seq全部

Xmind

Xmind

? ? ? ?Day3收獲頗豐，興趣滿滿??繼續向前??