1. linux如何安裝軟件？
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1--第一步，簡單了解conda--“l(fā)inux的應(yīng)用商店”
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2--第二步，給你的服務(wù)器下載conda-我們用它的精華版--miniconda就可以。
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3--第三步，安裝和配置miniconda
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4--第四步（重點），使用miniconda，也就是查看已安裝的軟件、搜索、安裝、卸載（生信需要的）軟件，我們以fastqc為例，其實安裝軟件很復(fù)雜，甚至有專門的一門課來講這個，今天這里僅是入門操作。
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5--第五步（選修），不同的生信實戰(zhàn)項目，需要定制conda的分身。
2. 準備工作
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2.1 檢查有沒有bzip2
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2.2 下載miniconda
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2.3 安裝miniconda
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2.4 添加國內(nèi)鏡像
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
3. 開始使用conda
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3.1 查看當前所有軟件列表 conda list
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3.2 搜索軟件 conda search fastqc
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3.3 安裝軟件 conda install fastqc -y
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3.4 卸載軟件 conda remove fastqc -y
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3.5 查看當前conda有哪些環(huán)境(conda info --envs)
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3.6 建立一個名叫rnaseq的conda環(huán)境，然后指定python版本是3，安裝軟件fastqc、trimmomatic（conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y）
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3.7 激活新的conda環(huán)境（source activate rna-seq）
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3.8 如何卸載一個環(huán)境中的軟件
卸載某個軟件conda remove -n rna-seq fastqc -y
全部卸載，也就是卸載這個環(huán)境conda remove -n rna-seq --all
