今天學習Linux環境下的軟件安裝，大致瀏覽了一下，感覺有點難。但是我相信自己肯定能完成作業。下面開始。。。

準備工作

• 檢查有沒有bzip2。

很幸運，騰訊云有。

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bzip2 是一個基于Burrows-Wheeler 變換的無損壓縮軟件，壓縮效果比傳統的LZ77/LZ78壓縮算法來得好。可以免費使用。它廣泛存在于UNIX && LINUX的許多發行版本中。bzip2能夠進行高質量的數據壓縮，能夠把普通的數據壓縮10%至15%，壓縮的速度和解壓的效率都非常高！支持大多數格式，包括tar、gzip 等等。

• 安裝miniconda

自我科普conda和miniconda，引自生信星球。今天主要學習安裝miniconda。

conda是大Boss，最初為管理python包而建立，它是一個大的涵蓋許多領域的軟件包管理器。也就是Linux應用商店。
anaconda是總管，職務比conda低，但干的活不少，也是個有內涵的家伙
miniconda是區域經理，說白了就是干事的，而且比較專一，主要負責生信領域

1. 登陸服務器，終于明白只要load以前保存的任務就好（以往都是粘貼IP）。
2. 進入biosoft目錄。 忘記用tab鍵，返回上級目錄重新開始，發現tab鍵確實很好用。
3. 代碼wget 加下載鏈接。找不到3.6版本的，下載3.7版本的。需要注意的是（引自生信星球）

粘貼不是ctrl+c和ctrl+V了，選中，鼠標左鍵點一下是復制，右鍵點一下是粘貼

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不小心點錯了，簡書關閉，再打開發現有自我保存功能，慶幸。。。

4. 開始安裝。bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 一路enter，yes，跌跌撞撞到最后，source ~/.bashrc激活。輸入conda，看到滿屏信息，貌似安裝成功，非常順利，竊喜。
   
   Snipaste_2018-10-24_16-07-03.png
5. 添加鏡像。引用花花家代碼。

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

準備工作結束。Oh，my god！折騰了半天只是準備工作。

開始使用conda

• 安裝并卸載fastqc軟件

1. 查看安裝軟件 conda list
   

   Snipaste_2018-10-24_16-08-52.png

2. 搜索軟件，比如fastqc
   conda search fastqc

3. 安裝fastqc軟件，加上Y是自動安裝。
   conda install fastqc -y
   

   Snipaste_2018-10-24_16-37-12.png

4. 卸載軟件
   conda remove fastqc -y
   

   Snipaste_2018-10-24_16-40-36.png

• 建立不同的conda環境

因為不同項目需要不同版本的軟件，為了防止同一軟件互相干擾，所以需要建立不同的操作環境。

1. 先看有哪些環境
   conda info --envs
   只有一個環境，如圖

   Snipaste_2018-10-24_16-42-19.png

2. 建立一個名叫rnaseq的conda環境，指定python版本是3，并安裝軟件fastqc、trimmomatic。
   conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
   trimmomatic主要是數據過濾的作用，過濾低質量序列。
   

   Snipaste_2018-10-24_16-47-06.png

3. 重新查看環境多了一個。

   
   
   Snipaste_2018-10-24_16-47-47.png
   
   

   *代表默認環境，沒有改變，因為新環境未激活。

4. 激活新環境
   source activate rna-seq
   

   Snipaste_2018-10-24_16-50-16.png
   
   輸入軟件名稱看到大段說明文檔，欣喜。
   
   Snipaste_2018-10-24_16-52-17.png

5. 卸載環境中的軟件
   conda remove -n rna-seq fastqc -y
   卸載環境（注意退出當前環境）
   conda remove -n rna-seq --all
   先失活環境
   source deactivate ren-seq
   

   Snipaste_2018-10-24_17-01-01.png

思維導圖

Linux環境下軟件安裝.png

今天學習結束。感覺沒有那么難！