Linux環(huán)境下的軟件安裝
1 了解conda
2 給你的服務(wù)器下載conda-我們用它的精華版--miniconda
3 安裝和配置miniconda
4 使用miniconda，查看已安裝的軟件、搜索、安裝、卸載（生信需要的）軟件
5 不同的生信實戰(zhàn)項目，需要定制conda的分身
1. 準(zhǔn)備工作：檢查有沒有bzip2
- 首先輸入bzip2，檢查有沒有這個軟件，有的話會顯示
- 沒有的話，顯示報錯（這個報錯的意思就是沒有安裝你輸入名字的軟件或命令）
- 沒有的話，輸入yum install -y bzip2 安裝或者sudo apt-get install bzip2
2. 軟件管理Miniconda
- 最方便快捷的軟件下載器，作用就相當(dāng)于App store，90%以上的軟件都能搜到，一鍵安裝。
- 日常生信使用——小而精的Miniconda
學(xué)習(xí)Linux一定要拋棄圖形界面的思維! Linux命令行中沒有圖形，沒有窗口，沒有雙擊，有的只是代碼!!!
3. 下載miniconda
- 百度/谷歌搜索“miniconda”（是英文網(wǎng)站）
- linux下面有64-bit、32-bit兩種版本
- 安裝python3.6對應(yīng)的版本
- 右鍵-復(fù)制下載鏈接
- 登陸服務(wù)器，進(jìn)入biosoft目錄 mkdir biosoft
自動補(bǔ)全功能，Tab鍵，你在root目錄下，打出cd b，按Tab就可以自動補(bǔ)齊。 cd biosoft - 用到
wget命令, wget 復(fù)制的剛才的下載鏈接
sh是腳本（就是一個程序，后臺的代碼）文件的后綴，也就是說其實這是一個下載的腳本，如果你安裝失敗了，這個腳本是不需要重新下載的，還是可以用的。
- bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh—用bash運(yùn)行這個安裝用的腳本，腳本就是你剛才下載的東西
- 一路Enter，輸入yes
- 敲回車，等待安裝結(jié)束后輸入yes
- 激活。source ~/.bashrc來激活conda
命令行輸入conda，出現(xiàn)滿屏的信息說明成功了，出現(xiàn)一行簡短的報錯說明掛了。不成功就將miniconda這個目錄刪除 - 添加國內(nèi)鏡像
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
4. 開始使用conda
- 查看當(dāng)前所有軟件列表 conda list
- 搜索軟件 conda search fastqc
- 安裝軟件 conda install fastqc -y 【加上-y是自動安裝】
- 卸載軟件 conda remove fastqc -y
conda 環(huán)境
生信實戰(zhàn)中，需要分析轉(zhuǎn)錄組、基因組組裝、重測序等多個項目。
每一個項目都需要不同的軟件，另外軟件之間的結(jié)合也是需要版本要求的
辦法就是分身！！按照你的項目，定制不同的分身，安裝不同的軟件，互不干擾。這個分身就是不同的“conda environment”。
- 查看當(dāng)前conda有哪些環(huán)境 conda info --envs
- 處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)
- 先建立一個名叫rnaseq的conda環(huán)境，
- 指定python版本是3，安裝軟件fastqc、trimmomatic
（ 這兩個可以一步完成）
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y - 再次查看一下我們的conda環(huán)境，conda info --envs
- 激活新的conda環(huán)境 source activate rna-seq
5. 如何卸載一個環(huán)境中的軟件
- 卸載某個軟件conda remove -n rna-seq fastqc -y
- 全部卸載，也就是卸載這個環(huán)境conda remove -n rna-seq --all
最后卸載環(huán)境的時候，需要先退出當(dāng)前環(huán)境，不能自己刪除自己
