滴滴滴~~~第三天打卡 (￣︶￣)
今天的主要內容是學會在linux環境下安裝軟件
準備工作
- 檢查有沒有bzip2軟件
輸入bzip2，查看有無此軟件，沒有的話安裝一個。
軟件管理Miniconda
相當于App store
- 下載
- 瀏覽器搜索“miniconda”網站，復制python3.6對應的版本下載鏈接；
- 代碼輸入 wget 和鏈接，回車下載：
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh - 下載完成后安裝： bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ，按提示操作，有需要的地方輸入yes；
- 激活conda：source ~/.bashrc
- 測試是否安裝成功：輸入conda會出現參數等信息，說明成功；
-
添加國內鏡像
復制粘貼輸入以下代碼
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes - 使用conda
- 查看當前所有軟件列表，命令： conda list
- 搜索軟件命令： conda search 軟件名
例fastqc ： conda search fastqc - 安裝軟件，命令： conda install fastqc -y
參數 -y 是自動安裝
可安裝指定版本，默認安裝最新版本 - 卸載軟件，命令： conda remove fastqc -y
- conda環境
-
查看當前conda有哪些環境，命令：conda info --envs
前面帶*的就是默認的
image.png 新建立conda環境，然后指定python版本是3：
conda create -n rna-seq python=3激活新的conda環境：
source activate rna-seq
這時默認的*就會轉移到rna-seq前面，用戶名root前面出現了(rna-seq)；安裝軟件fastqc、trimmomatic，可以和建立環境一起進行：
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y卸載某環境中的軟件
conda remove -n rna-seq fastqc -y卸載環境（全部卸載）
conda remove -n rna-seq --all退出當前環境
source deactivate
注意啦：卸載環境的時候，需要先退出當前環境！
