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歡迎關(guān)注”生信修煉手冊”! DARNED數(shù)據(jù)庫收錄了human等多個物種的RNA編輯位點信息，除了最常見的A->I類型的RNA編輯外，還收錄了部...

歡迎關(guān)注”生信修煉手冊”! MISO是一款經(jīng)典的可變剪切分析工具，和rmats類似，該軟件也支持對可變剪切事件進(jìn)行定量和差異分析，網(wǎng)址如下 ht...

歡迎關(guān)注”生信修煉手冊”! 在某篇評估轉(zhuǎn)錄組各個分析流程所用軟件的文章中，fusioncatcher 被評為分析融合基因的最佳工具，該軟件的網(wǎng)址...

歡迎關(guān)注”生信修煉手冊”! SOAPfuse是華大開發(fā)的一款，專門針對human的融合基因進(jìn)行分析的工具，項目鏈接如下 http://soap....

歡迎關(guān)注”生信修煉手冊”! 實驗設(shè)計對于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分析是非常重要的，對于常規(guī)的case/control實驗設(shè)計，通過兩組間的差異檢驗就可以得到...

歡迎關(guān)注”生信修煉手冊”! ENCODE數(shù)據(jù)庫中包含了許多轉(zhuǎn)錄因子的chip-seq數(shù)據(jù)，通過對chip-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，可以預(yù)測得到該轉(zhuǎn)錄...

歡迎關(guān)注”生信修煉手冊”! 在之前的文章中，介紹過igraph工具，可以通過編程處理網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)，該工具使用與大規(guī)模，大批量數(shù)據(jù)的處理。如果只是偶爾...

歡迎關(guān)注”生信修煉手冊”! 在之前的文章中，我們提到利用網(wǎng)絡(luò)聚類算法可以從復(fù)雜的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)中挖掘蛋白復(fù)合體或者相應(yīng)的功能模塊，其中MCODE算法...

歡迎關(guān)注”生信修煉手冊”! 從數(shù)據(jù)庫中得到蛋白質(zhì)的相互作用信息之后，我們可以構(gòu)建蛋白質(zhì)間的相互作用網(wǎng)絡(luò)，但是這個網(wǎng)絡(luò)是非常復(fù)雜的，節(jié)點和連線的個...

歡迎關(guān)注”生信修煉手冊”! 研究蛋白之間的相互作用網(wǎng)絡(luò)，有助于挖掘核心的調(diào)控基因，目前已經(jīng)有很多的蛋白質(zhì)相互作用的數(shù)據(jù)庫，而string絕對是其...