歡迎關注”生信修煉手冊”!
DARNED數據庫收錄了human等多個物種的RNA編輯位點信息,除了最常見的A->I類型的RNA編輯外,還收錄了部分C->U的RNA編輯位點,網址如下
https://darned.ucc.ie/
該數據庫包含的物種如下
Human
Mouse
-
Drosophila
官網提供了三種檢索方式
1. region-based
Assembly
選擇對應的物種,然后根據Chromosome
, start
, end
篩選對應的染色體區域上的RNA編輯位點信息,通過Limit
,可以篩選特定基因區域,比如exon
上的編輯位點信息,搜索框如下
2. gene-based
gene-based支持直接檢索某個基因上的RNA編輯位點信息,搜索框如下
3. sequence-based
sequence-based支持直接輸入一段序列,首先確定該序列在基因上的位置,然后給出對應區間的RNA編輯位點信息,搜索框如下
以human基因AHR
為例,檢索結果如下
在檢索結果中,會給出每個RNA編輯位點的類型,染色體位置,對應的基因,SNP, 是否位于Alu重復序列上等信息。
該數據庫是免費下載的,可以從以下鏈接下載到各個物種的RNA編輯位點信息
https://darned.ucc.ie/download/
相比RADATR數據庫,該數據庫中收錄的RNA編輯位點數量會少一些。
·end·
—如果喜歡,快分享給你的朋友們吧—
掃描關注微信號,更多精彩內容等著你!