DARNED:RNA編輯位點數據庫

歡迎關注”生信修煉手冊”!

DARNED數據庫收錄了human等多個物種的RNA編輯位點信息,除了最常見的A->I類型的RNA編輯外,還收錄了部分C->U的RNA編輯位點,網址如下

https://darned.ucc.ie/

該數據庫包含的物種如下

  1. Human

  2. Mouse

  3. Drosophila


官網提供了三種檢索方式

1. region-based

Assembly選擇對應的物種,然后根據Chromosome, start, end篩選對應的染色體區域上的RNA編輯位點信息,通過Limit,可以篩選特定基因區域,比如exon上的編輯位點信息,搜索框如下

2. gene-based

gene-based支持直接檢索某個基因上的RNA編輯位點信息,搜索框如下

3. sequence-based

sequence-based支持直接輸入一段序列,首先確定該序列在基因上的位置,然后給出對應區間的RNA編輯位點信息,搜索框如下

以human基因AHR為例,檢索結果如下

在檢索結果中,會給出每個RNA編輯位點的類型,染色體位置,對應的基因,SNP, 是否位于Alu重復序列上等信息。

該數據庫是免費下載的,可以從以下鏈接下載到各個物種的RNA編輯位點信息

https://darned.ucc.ie/download/

相比RADATR數據庫,該數據庫中收錄的RNA編輯位點數量會少一些。

·end·

—如果喜歡,快分享給你的朋友們吧—


掃描關注微信號,更多精彩內容等著你!

?著作權歸作者所有,轉載或內容合作請聯系作者
平臺聲明:文章內容(如有圖片或視頻亦包括在內)由作者上傳并發布,文章內容僅代表作者本人觀點,簡書系信息發布平臺,僅提供信息存儲服務。

推薦閱讀更多精彩內容