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在之前的文章中，我們提到利用網絡聚類算法可以從復雜的蛋白質網絡中挖掘蛋白復合體或者相應的功能模塊，其中MCODE算法是最常用的挖掘蛋白復合體的算法。

MCODE全稱molecular complex detection, 是最廣泛使用的挖掘蛋白復合體的算法之一，在cytoscape 軟件中提供了一個MCODE插件，可以方便的對網絡進行聚類。

cytoscape 是一個功能強大的網絡可視化軟件，除了基本的可視化之外，通過各種插件，還可以輕松的實現各種數據分析，插件的下載地址如下

http://apps.cytoscape.org/

眾多插件中，也可以看到MCODE插件的下載使用率名列前茅

在下載插件時，建議先打開cytoscape軟件，這樣可以直接在線安裝，非常方便。

構建PPI網絡，我們需要一個基因列表，比如轉錄組分析得到的差異基因列表，然后到String網站上，進行檢索，示意如下

檢索之后，下載tsv格式的結果文件，示意如下

在該文件中，前兩列的信息是我們需要的，內容如下

截取前兩列，然后另存為一個文件，通常叫做edge.txt。這個文件可以直接導入cytsocape軟件，通過File->Import->Network->File, ?將該文件導入，導入之后，通過Apps->MCODE, 啟動MCODE插件，在控制面板，可以看到下圖

選擇默認參數，對整個網絡繼續聚類，在右側的結果面板可以看到如下所示的結果

聚類之后會得到多個子網subnetwork, 對于每個子網，可以看到其節點數，邊數，打分值等基本信息，所有子網的信息可以通過Export按鈕導出到文件中，如下所示

點擊每個子網，通過在中間面板看到該子網的可視化結果，示意如下

然后可以自定義的調整各項參數，使圖片更加美觀。通過MCODE插件，我們可以方便的得到復雜瓦格的PPI網絡中潛在的各個子網，但是后續還是要集合功能注釋，比如KEGG，蛋白復合物數據庫的注釋等，對結果進一步解讀和篩選。

·end·

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