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在某篇評估轉錄組各個分析流程所用軟件的文章中，fusioncatcher 被評為分析融合基因的最佳工具，該軟件的網址如下

https://github.com/ndaniel/fusioncatcher

這個軟件的安裝過程比較繁瑣，依賴很多第三方軟件，為了簡化安裝，官方提供了自動化的安裝腳本, 用法如下

wget http://sf.net/projects/fusioncatcher/files/bootstrap.py -O bootstrap.py
python bootstrap.py -t --download

該腳本會自動下載依賴的軟件包并安裝。軟件的使用相對簡單很多，分為以下兩步

1. 準備參考基因組

fusioncatcher也提供了準備參考基因組的腳本，該腳本會從Ensembl等網站自動下載數據，所以使用時需要聯網，用法如下

fusioncatcher-build -g mus_musculus -o /db/mouse -w asia.ensembl.org

-g參數指定參考基因組的物種名稱，-o指定輸出結果的目錄，-w參數指定ensembl web service, 即biomart的的網址。需要注意的是，-w參數一定要設置成上述示例中的樣子，默認參數是不可以的，另外對于人和小鼠而言，因為會從gencode數據庫下載文件，而gencode的FTP地址發生了變動，所以要手動修改源代碼中gencode的FTP地址。

對于-o參數的取值，可以參考如下鏈接

ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta

該目錄下每個物種對應一個文件夾，fusioncatcher就是根據-o參數的取值來下載對應物種的序列。

除了下載文件，該步驟還包括建立索引等費時較長的步驟，所以這一步的運行時間會比較久，需要5-10個小時。

對于human而言，官方提供基于Ensembl release 90版本建立的數據庫，下載方式如下

mkdir -p /some/human/data/
cd /some/human/data/
wget http://sourceforge.net/projects/fusioncatcher/files/data/human_v90.tar.gz.aa
wget http://sourceforge.net/projects/fusioncatcher/files/data/human_v90.tar.gz.ab
wget http://sourceforge.net/projects/fusioncatcher/files/data/human_v90.tar.gz.ac
wget http://sourceforge.net/projects/fusioncatcher/files/data/human_v90.tar.gz.ad
cat human_v90.tar.gz.* | tar xz
ln -s human_v90 current

2. 運行

用法如下

fusioncatcher \
-d ?database_directory ?\
-i ? fastq_directory ?\
-o ?output_directory

-d參數指定物種的參考基因組所在目錄，-i參數指定樣本對應的原始測序數據fastq文件所在目錄，-o參數指定輸出結果的目錄。

對于原始序列所在的目錄，在該目錄下可以同時存在多個樣本的結果，軟件會自動識別不同樣本對應的R1和R2端數據。

由于fusioncatcher內置了質量控制的程序，會自動對fastq文件進行去除adapter,去除低質量等分析，所以我們只需要提供原始的測序數據就可以了。

在輸出目錄中，final-list_candidate-fusion-genes.txt 就是最終預測到的所有融合基因，這個目錄下文件很多，每個文件的詳細解釋可以參考官方文檔。

·end·

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