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ENCODE數(shù)據(jù)庫(kù)中包含了許多轉(zhuǎn)錄因子的chip-seq數(shù)據(jù)，通過(guò)對(duì)chip-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，可以預(yù)測(cè)得到該轉(zhuǎn)錄因子對(duì)應(yīng)的靶基因數(shù)據(jù)。

通過(guò)整合多個(gè)轉(zhuǎn)錄因子的分析結(jié)果，就可以構(gòu)建一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子靶基因數(shù)據(jù)庫(kù)，網(wǎng)址如下

http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/dataset/ENCODE+Transcription+Factor+Targets

該數(shù)據(jù)庫(kù)中包含181種轉(zhuǎn)錄因子的靶基因數(shù)據(jù)，每種轉(zhuǎn)錄因子的靶基因?qū)?yīng)一個(gè)數(shù)據(jù)集，示意如下

以轉(zhuǎn)錄因子ARID3A為例，結(jié)果如下

從截圖中也可以看到，雖然chip-seq數(shù)據(jù)有實(shí)驗(yàn)證據(jù)的支持，但是由于peak-calling的假陽(yáng)性等問題，最終得到的靶基因的數(shù)量是非常多的，這其中的假陽(yáng)性率不言而喻。

該網(wǎng)站的數(shù)據(jù)不僅可以瀏覽，也可以下載。對(duì)于單個(gè)轉(zhuǎn)錄因子的靶基因數(shù)據(jù)，可以通過(guò)如下API進(jìn)行下載

http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/api/1.0/gene_set/ARID3A/ENCODE+Transcription+Factor+Targets

上述鏈接可以下載轉(zhuǎn)錄因子ARID3A對(duì)應(yīng)的靶基因數(shù)據(jù)，對(duì)于其他的轉(zhuǎn)錄因子，只需要替換掉對(duì)應(yīng)的TF的名字即可。API返回的是JSON格式的數(shù)據(jù)，需要一定的編程技巧才可以得到類似excel的文件形式。

對(duì)于整個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，可以通過(guò)如下API獲得全部轉(zhuǎn)錄因子對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)的鏈接

http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/api/1.0/dataset/ENCODE+Transcription+Factor+Targets

然后就可以下載到整個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)了。整個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中的信息簡(jiǎn)單直接，缺點(diǎn)就是假陽(yáng)性率高。在線檢索功能非常方便，但是下載數(shù)據(jù)庫(kù)的話需要一定的編程技巧進(jìn)行處理。

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