對于我這種拖延癌晚期患者來說，如何提高執行力一直是非常痛苦的事情。這篇回答[https://www.zhihu.com/question/19979300/answer/12...
發簡信
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如何提高執行力
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方法論寫的很有啟發性，但是這些方法論背后的本質需求是什么？目的、預算、原則、四象限、候選清單與大局觀的內在聯系是什么？存量思維是如何影響判斷的？更疑惑了
當我們講大局觀，我們在講什么？
圍棋對弈的時候，人們會講到大局觀。不在意一城一池的得失，對全局的把握，對大勢的判斷，對節奏的掌控，能從整局棋的輸贏來考慮布局和落子的人是有大局觀的人。 而在我們這個時代，最稀...
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Docker Desktop 使用筆記
我之前沒有接觸過Docker，嘗試源代碼編譯一個在線自動化服務n8n[https://n8n.io/]時總是出錯，硬著頭皮用 docker 安裝了，發現 Docker 還挺方...
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R ...(dots) 參數使用方式
介紹 當你不確定一個函數有多少個參數輸入時，可以使用...參數占位。例如R的打印函數?print： help文檔點出了使用方式：傳遞給其他方法或從其他方法傳遞，意思就是說有多...
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重建在線閱讀流程
訴求 受在線閱讀處理流程：從需求、到方法、再到工具[https://sspai.com/post/36795?utm_source=pocket_reader]（強烈建議先讀...
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absolute的文檔說明是真垃圾啊
解析ABSOLUTE軟件
簡介ABSOLUTE ABSOLUTE是Broad研究所開發的一款癌癥CNV分析軟件，實質是一個R包，可以定量細胞的絕對拷貝數、腫瘤純度與倍性，如果提供突變數據，還能探究克隆...
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配置 VSCODE 寫 R 代碼
使用 VSCODE 寫代碼還是很爽的，因為有非常充裕的插件，多種語言的支持，并解決了我遠程寫代碼無法同時看到輸出的痛點。這篇文章記錄了我配置 VSCODE 的步驟以及遇到的問...
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@ZYXNB 不用客氣，現在看來很多地方沒有寫好，有興趣的話直接看原作收獲更大，祝進步。
31.《Bioinformatics-Data-Skills》之Unix sort命令
對數據進行排序的好處有： 提高特定程序的運行速度，這些程序（后續會介紹）在輸入排序過的數據會大大減少運行時間 sort | uniq 作為一個常用的連招使用保留唯一值（下一節...
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笑是生活的解藥？不，笑是生活的麻藥
笑是生活的解藥。 笑是我們社會大眾倡導的，笑是生活的解藥，笑一笑十年少，也有很多類似的諺語這樣詮釋它。但是最近人間清醒-呼蘭這次叫起真了。 呼蘭，脫口秀演員，畢業于美國的哥倫...
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根據PMID號批量下載文獻
該方法基于Python3.7實現，需要安裝以下包： 新建文件夾作為工作空間，下載工程（無git的話去官網[https://github.com/billgreenwald/P...
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二代測序文庫構建-概述與挑戰（1）高通量測序又稱NGS，重新定義了基因組學研究。近年來，NGS技術穩步發展，伴隨著成本下降以及測序應用呈指數增加。本文，我們研究了影響測序文庫質量的關鍵因素，以及，在DNA來源...
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@Jason_5b5a 簡書無法發送圖片，私信已回復，仍有問題截圖發送到我的郵箱吧：pseudoway@163.com
67.《Bioinformatics Data Skills》之pileup文件與突變識別
pileup文件是指通過BAM文件每個位置重疊的read對比對結果進行的總結，可用于判斷各個位點突變的可能性。這里通過命令行工具演示使用pileup文件進行突變識別（僅供參考...
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82.《Bioinformatics Data Skills》之SQLite 函數
上節我們采用SELECT直接進行列信息提取，實際上可以在提取的同時創建與命名新的列。 以一個例子說明： 其中第一句將trait列轉為小寫并命名為相同的名字trait；第二列通...
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81.《Bioinformatics Data Skills》之SQLite SELECT 操作
SQL數據庫的SELECT操作將是你學過的最為有用的數據操作技術之一。除了關系數據庫，你能夠在廣泛的工具中找到它的影子。不同數據庫管理系統的語言相當一致，你可以將這項技術應用...
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如何查找投稿雜志？
個人經驗，可以采用如下的兩種方式查找雜志： 1. 雜志搜集： 關鍵詞法根據自己的研究方向擬定一些關鍵詞，使用PubMed[https://pubmed.ncbi.nlm.ni...
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80.《Bioinformatics Data Skills》之SQLite關系數據庫
簡介 數據庫是解決內存不足的另一方案，關系數據庫存儲一系列的表格，通過多個表格間的關系來提取與合并特定的信息。目前常用的關系數據庫是采用SQL語句，例如MySQL，Postg...
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79.《Bioinformatics Data Skills》之使用bgzip與tabix解決內存不足問題
某些基因組文件（包括GFF，BED與VCF類型）特別大，無法讀入到內存。然而需要隨機地讀取某些區域的信息的話，不讀入內存進行處理又特別費時。借助bgzip與tabix命令可以...
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@大叔的生信備忘錄 linux的限制很少，我試過是可以同名的。這個例子是局限了，事實上如果使用模糊匹配的話這樣操作更有必要
76.《Bioinformatics Data Skills》之shell find命令
前面我們提到pipeline處理多個文件有兩種方式，一種是先讀取存儲數據信息的配置文件，另一種是直接通過一定的條件選取數據。通過find命令可以幫助我們靈活的查找相關文件，下...
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78.《Bioinformatics Data Skills》之Make實現pipeline
如果你經常在Linux系統安裝軟件的話，對Make工具一定不會陌生，它會執行一個makefile腳本，通過一個非常復雜的過程來確保所有依賴滿足條件。我們也可以編寫makefi...