簡介
數據庫是解決內存不足的另一方案，關系數據庫存儲一系列的表格，通過多個表格間的關系來提取與合并特定的信息。目前常用的關系數據庫是采用SQL語句，例如MySQL，PostgreSQL，SQLite等。它們的語法是相通的，由于SQLite不需要繁瑣的配置，這里我們著重介紹。
注意：小型、關系清晰、便于檢索展示的信息采用關系數據庫存儲更為合適，而原始數據及特定類型的數據（如VCF，BED等）使用相應的專業工具效率更高。
SQLite安裝
linux可以通過包管理工具直接安裝:
sudo apt install sqlite3
也支持通過源碼編譯安裝。
SQLite交互探索
SQLite通過命令行工具交互，首先連接數據庫（gwascat.db為創建好的例子數據，例子數據下載）：
$ sqlite3 gwascat.db
SQLite version 3.36.0 2021-06-18 18:36:39
Enter ".help" for usage hints.
sqlite>
通過點命令來進行管理，.table命令可以查看當前數據庫內的表格：
sqlite> .table
gwascat
.schema命令可以查看數據庫的架構：
sqlite> .schema
CREATE TABLE gwascat(
id integer PRIMARY KEY NOT NULL,
dbdate text,
pubmedid integer,
author text,
date text,
journal text,
link text,
study text,
trait text,
initial_samplesize text,
replication_samplesize text,
region text,
chrom text,
position integer,
...
以上信息包含了表格的字段名與數據類型（可以通過此命令創建相同表格）。
SQLite包括5種數據類型：
- 文本（Text）；
- 整數（Integer）；
- 實數（Real）；
- 空（NULL），代表缺失值；
- 二進制文件（BLOB）
需要注意的是，SQLite雖然需要指明每列的數據類型，當你存入不同類型的數據時會進行隱式轉換預防信息丟失。不過還是建議系列使用相同的數據類型，下游處理的時候可以不需要再考慮數據類型的問題。
注意：MySQL與PostgreSQL有嚴格的數據類型。
其它常用的點命令與介紹如下表所示：
表1
下一節我們將重點介紹一下數據的查詢操作。
