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R包c(diǎn)lusterProfiler: 轉(zhuǎn)換ID、GO/KEGG富集分析參考這篇ID轉(zhuǎn)換不用怕，clusterProfiler幫你忙這篇詳細(xì)講了無參考基因組該怎么辦，值得一看 簡(jiǎn)單介紹一下幾種常用的ID：Ensemble id：一般以ENSG開頭...
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非模式生物KEGG富集分析寫在前面 因?yàn)槲已芯康奈锓N比較小眾，很多注釋不完全，R包AnnotationHub中也沒有對(duì)應(yīng)信息，所以無法使用公共數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行kegg富集分析。所以自己嘗試使用KAAS造一個(gè)...
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生物信息學(xué)軟件，perl、python、R、shell腳本交流分享
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轉(zhuǎn)錄組分析進(jìn)階這是我聽孟浩巍知乎LiveB站鯪魚不會(huì)飛視頻（轉(zhuǎn)錄組分析進(jìn)階課程）里的筆記哦~ 本次知乎Live解決的問題： 轉(zhuǎn)錄組的建庫(kù)與質(zhì)量控制 人類基因組與轉(zhuǎn)錄組組成 轉(zhuǎn)錄組的2種建庫(kù)...
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應(yīng)該是最好的eggnog-mapper功能注釋教程eggnog-mapper實(shí)現(xiàn)功能注釋 eggNOG-Mapper介紹 通常功能注釋的思路都是基于序列相似性找直系同源基因，常見的方法就是BLAST+BLAST2GO， 或者...
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自己構(gòu)建物種包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler進(jìn)行富集分析時(shí)，發(fā)現(xiàn)網(wǎng)上沒有物種包OrgDb，利用網(wǎng)上教程構(gòu)建了一個(gè)。主要參考了劉小澤的簡(jiǎn)書，特別感謝一下！！！ emapper首先得到注釋...
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使用clusterProfiler進(jìn)行富集分析clusterProfiler是業(yè)界大神Y叔寫的R包，看過了它的繪圖就會(huì)使人沉迷于其顏值無法自拔。本文很多內(nèi)容直接翻譯自官方文檔，加上了我的測(cè)試數(shù)據(jù)（還是以果蠅為例）。 一、...
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遺傳學(xué) 博士研究生在讀
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系統(tǒng)發(fā)育基礎(chǔ)知識(shí)介紹
系統(tǒng)發(fā)育學(xué)概念 系統(tǒng)發(fā)生（或種系發(fā)生、系統(tǒng)發(fā)育，phylogeny）是指生物形成或進(jìn)化的歷史。系統(tǒng)發(fā)生學(xué)(phylogenetics)研究物種之間的進(jìn)化關(guān)系，其基本思想是比較...
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【經(jīng)驗(yàn)】宏基因組的基因定量問題宏基因組的基因定量問題已經(jīng)困擾我很久啦，今天稍稍梳理了一下，但是還是不大懂，后續(xù)分析到底怎么整，什么情況下做基因定量進(jìn)行差異分析有必要。如果是基因已知數(shù)據(jù)庫(kù)的方法，就像MEG...
