根據vcf文件提取樣本名 使用bcftools concat 合并相同樣本不同染色體的vcf 檢查：
發簡信
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Admixtools的使用 - 以D統計和f4統計(qpDstat)為例-2. 僅作筆記，僅介紹軟件的使用，不涉及原理 -1. 使用的是SNP的數據/vcf文件 https://github.com/DReichLab/AdmixTools 0....
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從群體基因組數據推斷祖先
最近看了一篇綜述，粗略翻譯一下文獻：Padhukasahasram, B. (2014). Inferring ancestry from population genomi...
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LInux命令行光標移動
當在Linux命令行中操作時，以下是一些常用的光標操作技巧：移動光標到行首：Ctrl + a移動光標到行尾：Ctrl + e移動光標到上一個單詞的開頭：Ctrl + ←移動光...
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R繪制優美的進化樹（基礎）這篇文章主要是介紹繪制進化樹用的ggtree以及一些拓展包的基礎用法，因為gg系列繪圖的邏輯基本是搭積木，這種介紹性的文章能夠幫助快速的找到想要的“積木”以及拼接的方法，剩下...
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宏基因組學/群體遺傳學 方向
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基于Vcf文件進行基因單倍型分析單倍型，是單倍體[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的簡稱，在遺傳學上是指...
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用R語言對vcf文件進行數據挖掘.10 利用vcf信息判斷物種染色體倍數目錄 前言[http://www.lxweimin.com/p/729673778e43] 方法簡介[http://www.lxweimin.com/p/d9bd081763...
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不好意思，我沒有報過這個錯，不過你可以檢查seqid和layout文件，這兩個文件不要在Windows系統生成，你直接在linux系統中復制粘貼。
[比較基因組] 共線性分析（jcvi）
jcvi軟件的使用 官網[https://github.com/tanghaibao/jcvi/issues/300] 軟件下載 3 測試數據下載（下載前去Phytozome...
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PLINK+TASSEL做GWAS+Post-GWAS分析此視頻來自B站，是非常好和全的的一個GWAS操作的視頻，從開始準備軟件下載，數據過濾，到最后的候選基因注釋。GWAS的實戰視頻https://www.bilibili.com...
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Linux中安裝R包pophelper
R包版本首先使用conda下載devtools 進入R并使用devtools下載pophelper 如圖 成功安裝pophelper包 下載指定版本的包
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【Linux小筆記】無root權限時如何安裝軟件
在服務器上經常遇到需要安裝某個軟件包的時候發現需要root權限才可以執行編譯以進行安裝。那么除了向管理員申請superuser的權限這樣比較麻煩的處理以外就需要掌握如何在沒有...
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構建系統發育樹：貝葉斯法建樹寫在前面：我對建樹也是一知半解，這里只是想記錄一下自己跟別人學習的建樹方法，可能不具有普適性。但畢竟寫在公眾平臺，大家選擇性參考。 主要的步驟包括用jModelTest來選擇...
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序列比對軟件 MUMmer 結果可讀化處理（四）
關于該軟件的計算可選參數以及結果文件的解讀，見前三篇分享： 序列比對軟件 MUMmer 快速上手（一）[http://www.lxweimin.com/writer#/not...
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測序數據的深度、覆蓋度等計算Coverage Depth 覆蓋深度 mapping depth 基因組被測序片段（短讀 short reads）“覆蓋”的強度有多大？ 每一堿基的覆蓋率是基因組堿基被測序...
