發簡信
IP屬地：內蒙古
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使用Agora/ANGEs構建祖先核型0.部分參考https://doi.org/10.1093/molbev/msae239[https://doi.org/10.1093/mol...
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基于gff文件提取最長轉錄本的信息
bash get.longest.gff.sh input.gff > longest.gff cat get.longest.gff.sh 有...
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使用jcvi繪制共線性時，調整整條染色體的方向
在使用jcvi繪制共線性時，經常遇到整條染色體反了的情況，比如上圖，非常痛苦。 這個時候其實是希望調整方向，把黑線調整為藍線/綠線的情況。 這里...
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lastal - 多基因組比對
-1.refhttps://github.com/gotouerina/Comparative-genomics-script/wiki/03....
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hyphy absrel的使用
pal2nal.plhttps://github.com/liaochenlanruo/PAL2NAL[https://github.com/l...
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(未完待續) 使用NGenomeSyn展示局部共線性效果圖紅色箭頭是高亮展示的基因 nucmer比對與輸入文件的準備這里我們使用mummer4 cat coords2link.sh 2.軟件網址:...
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僅作個人筆記 - 使用RepeatMask推斷TE的插入時間
RepeatMask 2.讓我們轉戰R 分歧度 = 突變率 * 分化時間e. g. () 括號里面的是單位8.15% = 26.9 (Mya) ...
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統計plink輸出的ROH的結果
0.腳本由大模型生成 鑒定ROH 統計ROH cat stat.ROH.py
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統計nucmer的比對結果
腳本由GPT生成運行完nucmer后，想要知道每條染色體的比對情況 cat merge.gap.analyze_alignment.py cat...