發簡信
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VCF文件的一些處理方法
根據vcf文件提取樣本名 使用bcftools concat 合并相同樣本不同染色體的vcf 檢查：
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基因家族分析以MYB為例 從pfam網站下載Myb_DNA-binding.hmm 驗證提取到的MYB蛋白是否都具有MYB的結構域1.可以使用網站 Inte...
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Linux中安裝R包pophelper
R包版本首先使用conda下載devtools 進入R并使用devtools下載pophelper 如圖 成功安裝pophelper包 下載指定...
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關于call SNP無變異位點的解決方法
本次使用bcftools call SNP 按以上流程跑完后，vcf文件沒有call 出任何SNP。 bcftools mpileup 中添加 ...
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安裝基因組組裝軟件DipAsm
DipAsm[https://github.com/shilpagarg/DipAsm] 是一個利用HiFi數據和Hi-C數據，不需要親本信息而...
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bcftools根據樣品拆分vcf文件文件1：需要提出的樣品的id，文件名DB_sample.list 文件2：含有不同樣本的變異位點的vcf文件 利用bcftools提取DB_sa...
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使用Aspera，wget和 prefetch下載SRA數據下載Accession list 進入NCBI——進入SRA數據庫——輸入物種拉丁名——選擇Send to中的RunSelector——Go 點...
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[R語言學習] 使用ggplot2進行數據可視化數據：ggplot2包中的mpg數據框 創建ggplot圖形 函數geom_point()可創建散點圖，ase()函數的x參數和y參數分別指定了...