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夢蝶藍天宇

KOBAS網站，登錄不進去啦~??

GO、KEGG富集分析——DAVID與KOBAS在線分析工具

在進行差異基因表達分析時，得到顯著差異基因后，接下來就需要分析這些基因參與了哪些功能，常見的就是GO功能注釋和KEGG通路富集分析，今天為大家介紹在線分析工具的使用——DAV...

南博屹生物醫學

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夢蝶藍天宇 ·

在linux中對gencode的gtf注釋文件grch38.gtf.gz進行以下操作就可以得到含有ensembl_id和symbol 相對應的文件了，
之后可以參照樓主的步驟進行id轉化，即可完美進行ensembl_id轉化為symbol~~~
zcat grch38.gtf.gz >38.txt
awk -F 'gene_id \"' '{print $2}' 38.txt|awk -F '\"' '{print $1}' >gene_id.txt
awk -F 'gene_name \"' '{print $2}' 38.txt|awk -F '\"' '{print $1}' >gene_name.txt
paste gene_id.txt gene_name.txt >e2s_grch38.txt
uniq e2s_grch38.txt >e2s_grch38_gencode.txt

嘿嘿嘿嘿哈 評論自ensembl_id轉換之兩種方法比較

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@pudding815 建議先學習下Seurat的標準處理流程吧

適用于scRNA-seq的細胞通訊工具-1：CellphoneDB

先記錄一下，我安裝過程的慘痛經歷??，希望小伙伴們避免像我一樣入坑。起初每一次安裝，不論是使用conda還是pip工具，發現安裝好的CellphoneDB（4.0.0）在she...

夢蝶藍天宇

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注釋好細胞后，提取count和metadata，再使用SingleCellExperiment函數構建

適用于scRNA-seq的細胞通訊工具-1：CellphoneDB

先記錄一下，我安裝過程的慘痛經歷??，希望小伙伴們避免像我一樣入坑。起初每一次安裝，不論是使用conda還是pip工具，發現安裝好的CellphoneDB（4.0.0）在she...

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夢蝶藍天宇

@pudding815 OKOK，解決啦，感謝??

cellphoneDB嘔心瀝血下載安裝教程

我安裝了一天之后快哭了，然后去100塊買了個老師指導生信自學要么哭要么花錢，就是我這個垃圾1、安裝https://github.com/ventolab/CellphoneD...

pudding815

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今天再學習一下第三個適用于單細胞轉錄組數據的細胞通訊工具:NicheNet，與其他常見細胞通訊分析軟件（CellphoneDB，cellchat等工具）相比而言，NicheN...

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我安裝了一天之后快哭了，然后去100塊買了個老師指導生信自學要么哭要么花錢，就是我這個垃圾1、安裝https://github.com/ventolab/CellphoneD...

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note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip.
ERROR: Failed building wheel for scikit-learn
Failed to build scikit-learn
ERROR: Could not build wheels for scikit-learn, which is required to install pyproject.toml-based projects
你好，博主，今天在安裝時，一直出現這個錯誤，查了下好像是版本不兼容問題，但是我安裝了多個版本依舊是這個問題。不知道，博主有沒有遇到過這個問題？????

cellphoneDB嘔心瀝血下載安裝教程

我安裝了一天之后快哭了，然后去100塊買了個老師指導生信自學要么哭要么花錢，就是我這個垃圾1、安裝https://github.com/ventolab/CellphoneD...

pudding815

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