發簡信
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批量下載TCGA所有數據這是UCSC xena 頁面 https://xenabrowser.net/datapages/[https://xenabrowser....
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多種方法實現基因ID SYMBOL 與 ENTREZID轉換方法一 ID轉換，ENTREZID是進行GO分析最好的ID類型（針對clusterProfiler）ID轉換用到的是bitr()函數，但我的SY...
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featureCounts 得到的counts計算 cpm、 tpm、FPKM
一、從上游輸出文件結果中獲取基因有效長度 一般而言，RNA-seq得到原始counts表達矩陣最常用到的上游軟件就是featureCounts和...
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Dapars2 分析可變多聚腺苷酸化（APA 3’UTR）與腫瘤
越來越懶了，不想寫記錄呀！算了，強迫自己一把！ 水平有限，若有錯誤，懇請指出！ 信使RNA ( messenger RNA, mRNA)加工過程...
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RNA-seq 數據分析最佳實戰（綜述）一篇RNA-seq分析流程的綜述，全面而詳細！深度好文，可用來反復閱讀。初學者用于把握RNA-seq真個流程及各個流程選擇上的差異。已經開始學習...
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RNA sequencing: the teenage years（中篇）
前言 這一部分主要涉及常規RNA-seq的數據分析，提到了常見的數據分析流程。 RNA-seq數據分析 用于分析測序讀長以確定差異表達的計算方法...
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RNA sequencing: the teenage years（下篇）
前言 這一部分的內容主要涉及單細胞測序，空間轉錄組，新生RNA測序，翻譯組，RNA-RNA之間相互作用，RNA-蛋白質相互作用以及未來展望。 常...
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RNA sequencing: the teenage years（上篇）
《RNA sequencing: the teenage years》這篇綜述翻譯了一下，全篇漢字大約是3萬字，比較長，為了方便閱讀，把它拆成3...
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RNA-seq轉錄組名詞解釋基礎
2019年7月24日，Nature Reviews Genetics上發表了一篇了RNA-seq的綜述，文獻信息如下所示： Stark, R.,...