方法一 ID轉(zhuǎn)換，ENTREZID是進行GO分析最好的ID類型（針對clusterProfiler）ID轉(zhuǎn)換用到的是bitr()函數(shù)，但我的SYMBOL 轉(zhuǎn) ENTREZID...
IP屬地：江蘇
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多種方法實現(xiàn)基因ID SYMBOL 與 ENTREZID轉(zhuǎn)換 -
結(jié)合Seurat批量去除環(huán)境RNA污染（SoupX）2022-05-19相似關(guān)鍵詞 背景RNA，環(huán)境RNA，RNA污染，游離RNAbackground mRNAs, ambient RNA, RNA contamination, cell fr...
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使用scVelo進行RNA velocity分析-01scVelo于2020年發(fā)表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...
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10X單細(xì)胞空間聯(lián)合分析之十（RCTD）hello,上一篇文章中，10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之空間注釋（解卷積，STdeconvolve）[http://www.lxweimin.com/p/d213c53ef003...
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CIBERSORT：反卷積推測bulk中的細(xì)胞類型五一學(xué)了一個新的分析方法-CIBERSORT，這個包其實很早就想學(xué)的，因為現(xiàn)在一般的單細(xì)胞文章的套路，很難不用到它，那么它能干什么呢？它能夠推測出bulk RNA每一個樣本中...
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組間差異檢驗，終于有人講清楚了!什么是組間差異檢驗？就是組間的差異分析以及顯著性檢驗，應(yīng)用統(tǒng)計學(xué)上的假設(shè)檢驗方法，檢驗組間是否有差異及其差異程度。坦率地講，所有的差異檢驗都基于一個假設(shè)：組間沒有差異，變量之...
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R-SCENIC 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析文章接受，終于有空再發(fā)點筆記了?? SCENIC_Tutorial[#scenic_tutorial]Setup[#setup]Load Packages[#load-pack...
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TIMER (Tumor Immune Estimation Resource)數(shù)據(jù)庫分析腫瘤組織中免疫細(xì)胞的浸潤情況TIMER (Tumor Immune Estimation Resource)數(shù)據(jù)庫也是用高通量測序(RNA-Seq表達譜)數(shù)據(jù)分析腫瘤組織中免疫細(xì)胞的浸潤情況，主要提供B...
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RNA-seq完整分析過程linux基本命令 第六章 Linux文件與目錄管理 極客學(xué)院服務(wù)器 高通量相關(guān)基礎(chǔ)知識 生信一百講 1、 Anaconda Anaconda是一個Python下和Canop...
