1.利用箱線(xiàn)圖比較兩類(lèi)樣本的某個(gè)細(xì)胞比例差異 比較直觀(guān)，但是缺點(diǎn)在于如果單細(xì)胞樣本個(gè)數(shù)過(guò)少且異質(zhì)性大，導(dǎo)致很難有統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著意義 2.R o/e 比值 好多文章都有用這個(gè)，我的...
發(fā)簡(jiǎn)信
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單細(xì)胞細(xì)胞比例分析方法列舉 -
TEtranscripts：轉(zhuǎn)座子元件差異表達(dá)轉(zhuǎn)座子 ??轉(zhuǎn)座子(transposable element)：或稱(chēng)跳躍基因，是一種可以改變其在基因組中位置的DNA序列，有時(shí)會(huì)產(chǎn)生或逆轉(zhuǎn)突變，改變細(xì)胞的遺傳特性和基因組大小...
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2023-11-17 STAR報(bào)錯(cuò)Segmentation fault
運(yùn)行STAR比對(duì)的時(shí)候一直報(bào)錯(cuò) 是因?yàn)橥瑫r(shí)跑了多個(gè)fq文件，STAR每次只能跑一個(gè)fq，如果是單端就是in一個(gè)fq文件，如果是雙端就是同一個(gè)fq的1和2。同時(shí)跑多個(gè)文件的時(shí)候...
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Seurat單細(xì)胞基因顯著性檢驗(yàn)函數(shù)及批量添加顯著性這篇帖子的前身可以追溯到：玩轉(zhuǎn)單細(xì)胞(2):Seurat批量做圖修飾[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYzMzY5Ng==&mid...
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scale函數(shù)對(duì)矩陣歸一化是按行歸一化，還是按列歸一化？提出這個(gè)問(wèn)題是在R package：circlize環(huán)狀熱圖[http://www.lxweimin.com/p/300e00fe61b6]需要對(duì)某個(gè)矩陣進(jìn)行歸一化處理，雖然...
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interproscan linux版本安裝及使用
說(shuō)明：InterPro[http://www.ebi.ac.uk/interpro/]是一個(gè)整合了各種蛋白及其功能的數(shù)據(jù)庫(kù)，內(nèi)含有蛋白質(zhì)所屬的家族及其所包含的結(jié)構(gòu)域和位點(diǎn)。而...
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【單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組】人類(lèi)B細(xì)胞亞群分析Marker基因匯總由于基因表達(dá)跟細(xì)胞表面蛋白的表達(dá)具有時(shí)間差，所以要根據(jù)經(jīng)驗(yàn)具體情況具體分析，內(nèi)容僅供參考 ??哺乳類(lèi)動(dòng)物B細(xì)胞的分化過(guò)程主要可分為前B細(xì)胞、不成熟B細(xì)胞、 成熟B細(xì)胞、活化B...
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2023-03-20-conda 報(bào)錯(cuò)CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'cond...
運(yùn)行命令conda activate cellphonedb出現(xiàn)問(wèn)題 問(wèn)題： CommandNotFoundError: Your shell has not been pr...
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理解并操作BAM文件經(jīng)過(guò)了第四節(jié)的長(zhǎng)文，我想大家基本上已經(jīng)知道了一個(gè)WGS流程該如何構(gòu)建起來(lái)了吧。但在那一節(jié)中限于篇幅有兩個(gè)很重要的文件我沒(méi)能展開(kāi)來(lái)講，分別是：BAM和VCF文件。這篇我們先說(shuō)B...
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2023-02-13—endnote插入中文數(shù)字國(guó)標(biāo)首先安裝好word，在安裝好endnote（endnote是需要花錢(qián)的，所以記得自己的這個(gè)安裝包別刪）接下來(lái)從endnote官網(wǎng)下載國(guó)標(biāo)的style 然后將這個(gè)框住的下載到自...
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@2d31656023f8 不好意思才看到消息，解決了嘛？
跑cellphonedb遇到的問(wèn)題
在運(yùn)行cellphonedb的時(shí)候遇到這句 報(bào)錯(cuò)具體原因是這個(gè)函數(shù)cluster_optimal是在igraph這個(gè)包里面要用到GLPK好像是這個(gè)，然后它自從igraph包1...
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2022-11-28_AS rmats2sashimiplot github install
rmats2sashimiplot的githubhttps://github.com/Xinglab/rmats2sashimiplot[https://github.com...
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2022-11-08_AS實(shí)踐1 leafcutter-安裝2-regtools install安裝官網(wǎng)https://regtools.readthedocs.io/en/latest/#installation[https://regtools.readthedoc...
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2022-11-08_AS實(shí)踐1 leafcutter-安裝1
regtools install 清華鏡像源懷疑有問(wèn)題，所以重新加了豆瓣的鏡像源，但是安裝包還是不行先刪除所有的鏡像 添加鏡像 顯示源 顯示目前的鏡像 查看 還是沒(méi)有安裝成功...
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conda踩坑記錄1.An unexpected error has occurred. Conda has prepared the above report.
想更新deeptools，但是發(fā)現(xiàn)無(wú)論如何都下載不了，并且有以下報(bào)錯(cuò) 按照conda install安裝不了任何包，報(bào)一大段錯(cuò)誤_E_vens怡寶-CSDN博客[https:...
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2022-10-24_物種之間ID轉(zhuǎn)換表格下載ensembl鏈接：http://www.ensembl.org/biomart/martview/abc8d48c9acf49029579e6aa3d3030cf[http://www....
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作者你好，我在運(yùn)行jucier的時(shí)候，報(bào)錯(cuò)GPUs are not installed so HiCCUPs cannot be run，然后才發(fā)現(xiàn)我的服務(wù)器有GPU，但是沒(méi)有下載CUDA，所以我打算用CPU運(yùn)行HICCUPS,我想知道這個(gè)參數(shù)--cpu是加在哪個(gè)命令的，我直接跑的juicer的腳本中沒(méi)有這個(gè)參數(shù)，并且是juicer腳本報(bào)錯(cuò)HICCUPS，或者我可以怎么停止jucier自動(dòng)運(yùn)行HICCUPS呢，因?yàn)槲乙膊恍枰猯oops的信息，我的jucier版本是2
Juicer:Hi-C數(shù)據(jù)處理分析（三）
從 .hic 文件提取數(shù)據(jù) 此功能由 Juicebox tools 的 dump 命令完成。https://github.com/aidenlab/juicer/wiki/D...
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2022-09-30_juicer報(bào)錯(cuò)解決Exception in thread "main" java.lang.RuntimeException: Unknown command: stat...報(bào)錯(cuò) 解決方式 看到一個(gè)博客的解決https://groups.google.com/g/3d-genomics/c/ngRL5BK9C7M[https://groups.g...