2023-11-17 STAR報(bào)錯(cuò)Segmentation fault

運(yùn)行STAR比對(duì)的時(shí)候一直報(bào)錯(cuò)

star.sh: line 1: 95538 Segmentation fault  (core dumped) STAR --runThreadN 5 --genomeDir /nas01/jiarongf/Homo_sapiens/data/GSE150137/ERV_STAR/STAR_index/ --readFilesIn ../HGPS_Fibroblast_1_fastp.fq.gz ../HGPS_Fibroblast_2_fastp.fq.gz ../HGPS_Fibroblast_3_fastp.fq.gz ../HGPS_Fibroblast_4_fastp.fq.gz ../HGPS_Fibroblast_5_fastp.fq.gz ../HGPS_Fibroblast_6_fastp.fq.gz ../WT_Fibroblast_1.fastq.gz ../WT_Fibroblast_2.fastq.gz ../WT_Fibroblast_3.fastq.gz --sjdbGTFfile /nas01/Genome/fasta_gtf/Homo_sapiens.GRCh38.84.gtf --sjdbOverhang 50 --outFileNamePrefix STAR_150137 --outSAMtype BAM SortedByCoordinate --readFilesCommand gunzip -c --outFilterType BySJout --winAnchorMultimapNmax 100 --outFilterMultimapNmax 100 --outFilterMismatchNoverLmax 0.04 --outTmpDir /nas01/jiarongf/Homo_sapiens/data/GSE150137/ERV_STAR/STARtmp/

是因?yàn)橥瑫r(shí)跑了多個(gè)fq文件,STAR每次只能跑一個(gè)fq,如果是單端就是in一個(gè)fq文件,如果是雙端就是同一個(gè)fq的1和2。同時(shí)跑多個(gè)文件的時(shí)候可以循環(huán)跑

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