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復(fù)現(xiàn)cancer cell圖表：【函數(shù)】Edge bunding可視化cellchat及cellphonedb細(xì)胞互作結(jié)果關(guān)于細(xì)胞互作可視化，我們的內(nèi)容已經(jīng)很多了，小伙伴依然有其他中意的內(nèi)容，這里復(fù)現(xiàn)一篇cancer cell圖表，使用Edge bunding pl...
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Circular Plot系列(五): circle plot展示單細(xì)胞互作這是我們circle系列的最后一節(jié)，我想常見的弦圖是繞不開的，所以最后從前面介紹的circle plot思路，做一遍弦圖。其實前面的內(nèi)容如果消化...
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Circular Plot系列(三)：【視頻教程】復(fù)現(xiàn)NCS圖表之高大上的單細(xì)胞UMAP環(huán)形圖高端復(fù)雜的UMAP復(fù)現(xiàn)： 這又是一個高大上且炫酷的單細(xì)胞UMAP圖，展示的信息很多，有大類細(xì)胞和亞群，以及marker基因和cell count...
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Circular Plot系列(一): 環(huán)形熱圖繪制針對近期多個粉絲咨詢環(huán)形圖的繪制，我意識到，我們似乎沒有真正介紹過circle圖，但這一類圖確是非常常用的圖，所以這里詳細(xì)學(xué)習(xí)一下circle的...
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學(xué)習(xí)NC文章:單細(xì)胞亞群相關(guān)性及三角熱圖繪制熱圖我們做過很多，參照公眾號熱圖系列，這里介紹三角熱圖的繪制，演示corrplot的參數(shù)設(shè)置。為了讓演示有意義，這里的熱圖數(shù)據(jù)使用單細(xì)胞亞群相關(guān)...
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復(fù)現(xiàn)Nature圖表：學(xué)習(xí)nature代碼之聚類樹+基因表達(dá)氣泡圖這里我們要復(fù)現(xiàn)和學(xué)習(xí)的是一篇nature文章的圖表，這篇文章提供了figure的代碼以及數(shù)據(jù)，我們要復(fù)現(xiàn)的是Figure1b。圖很簡單，就是兩部...
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單細(xì)胞Seurat分析基本可視化實現(xiàn)python版Scanpy風(fēng)格這個問題我們之前提到過，很多小伙伴可能看到某些文章中這樣的可視化，很感興趣，其實熟悉python分析的小伙伴一眼就可以看出是scanpy出圖，雖...
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視頻教程）NMF: 單細(xì)胞非負(fù)矩陣分解R語言版-數(shù)據(jù)降維及MetaProgram分析NMF：非負(fù)矩陣分解，大家應(yīng)該不會陌生，大家或多或少的聽說過，我們之前介紹一個R包geneNMF（GeneNMF: 基于NMF（非負(fù)矩陣分解）的...
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單細(xì)胞基因熱圖多重注釋函數(shù)-可標(biāo)記基因及添加富集分析結(jié)果在寫NMF帖子的時候，需要plot基因熱圖，參考：（高分SCI單細(xì)胞圖表：多層注釋熱圖函數(shù)[https://mp.weixin.qq.com/s...