WGCNA圖文詳解(七)-eigengene network的可視化 還是老習慣，給出官網教程，至于你是看還是不看，它就在那里，等著你的深入研究～ https://horva...
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小鬼的WGCNA圖文詳解(七)-eigengene network的可視化 -
WGCNA（2a）：一步法完成網絡構建和模塊檢測在上一篇帖子上完成了表達量數據和表型數據的整理，這篇文章將進行網絡構建和模塊檢測。 WGCNA（1）：R包安裝及數據導入清洗 - 簡書 (jianshu.com)[https...
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WGCNA（1）：R包安裝及數據導入清洗WGCNA：加權基因共表達網絡分析，簡而言之，就是將基因劃分為若干個模塊，探究與表型數據與基因模塊之間的相關關系，并找到模塊中的核心基因。 適用于復雜的數據模式，推薦5組(或...
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WGCNA（2b）：分步法完成網絡構建和模塊檢測
在前兩篇帖子中介紹了數據的導入清洗，以及一步法構建網絡，這篇文章將介紹網絡構建的第二種方法，分步法。WGCNA（1）：R包安裝及數據導入清洗 - 簡書 (jianshu.co...
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作者你好呀，想請問一下為什么要去掉Q矩陣的最后一列呢？
重測序分析（16）GWAS分析實操（2）gwas_emmax_Q
使用Q矩陣作為協變量使用emmax進行GWAS分析 數據準備 1.上個推文中vcf轉的tped文件snp_filter.mapsnp_filter.nosexsnp_filt...
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實操|rrBLUP包RRBLUP數據處理 VCF轉為 rrBLUP {-1,0,1} 格式 rrBLUP可識別的基因型格式為 {-1,0,1} （行頭為marker，列為sample），因此需要對基本數據...
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想請教一下怎么進行k折交叉驗證呢
【GS模型】全基因組選擇之rrBLUP
[toc] 1. 理論 rrBLUP是基因組選擇最常用的模型之一，也是間接法模型的代表。回顧一下，所謂間接法是指：在參考群中估計標記效應，再結合預測群的基因型信息將標記效應累...
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「GATK 4」如何提高HaplotyperCaller的效率GATK的HaplotypeCaller 應該是目前最常用的變異檢測軟件，尤其是在人類基因組上。不過HaplotypeCaller的速度相對于其他軟件，例如bcftools,...
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3. SNP Calling以GATK流程為例，簡單來說，SNP Calling主要包括以下幾步： 1. 給參考基因組建立索引：samtools faidx、bwa index, gatk Create...
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GATK4.1 call SNP
GATK4.0 和之前的版本相比還是有較大的不同，更加趨于流程化。 軟件安裝 點擊此處 查看最新版本 GATK 簡單說明 GATK分析簡要流程 所需數據 ref.fa rea...
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群體遺傳學一-SNP calling
使用BWA+samtools+gatk4.0進行SNP calling 首先下載數據eg： 01.align 首先定義相關用到的變量，然后使用baw創建索引之后進行map。 ...
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GATK4變異檢測（bwa+samtools+Picard+GATK）一.軟件下載安裝 ??bwa：https://github.com/lh3/bwa[https://github.com/lh3/bwa]安裝及命令詳解參考：http://st...
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Linux常用命令詳解 | md5sum 文件一致性校驗
一、簡介 md5sum計算檢驗MD5效驗碼。MD5算法常常被用來驗證網絡文件傳輸的完整性，防止文件被人篡改。MD5全稱是報文摘要算法（Message-Digest Algor...
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用ANNOVAR自建數據庫注釋基因組
annovar簡介 在我們做重測序，或者比較基因組學分析的時候，我們往往在call snp或者indel的時候，需要對我們的變異位點進行注釋，而annovar官網提供的注釋庫...
