WGCNA圖文詳解(七)-eigengene network的可視化 還是老習(xí)慣，給出官網(wǎng)教程，至于你是看還是不看，它就在那里，等著你的深入研究～ https://horva...
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小鬼的WGCNA圖文詳解(七)-eigengene network的可視化 -
WGCNA（2a）：一步法完成網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和模塊檢測(cè)在上一篇帖子上完成了表達(dá)量數(shù)據(jù)和表型數(shù)據(jù)的整理，這篇文章將進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和模塊檢測(cè)。 WGCNA（1）：R包安裝及數(shù)據(jù)導(dǎo)入清洗 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)[https...
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WGCNA（1）：R包安裝及數(shù)據(jù)導(dǎo)入清洗WGCNA：加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析，簡(jiǎn)而言之，就是將基因劃分為若干個(gè)模塊，探究與表型數(shù)據(jù)與基因模塊之間的相關(guān)關(guān)系，并找到模塊中的核心基因。 適用于復(fù)雜的數(shù)據(jù)模式，推薦5組(或...
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WGCNA（2b）：分步法完成網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和模塊檢測(cè)
在前兩篇帖子中介紹了數(shù)據(jù)的導(dǎo)入清洗，以及一步法構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)，這篇文章將介紹網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建的第二種方法，分步法。WGCNA（1）：R包安裝及數(shù)據(jù)導(dǎo)入清洗 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.co...
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實(shí)操|(zhì)rrBLUP包RRBLUP數(shù)據(jù)處理 VCF轉(zhuǎn)為 rrBLUP {-1,0,1} 格式 rrBLUP可識(shí)別的基因型格式為 {-1,0,1} （行頭為marker，列為sample），因此需要對(duì)基本數(shù)據(jù)...
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「GATK 4」如何提高HaplotyperCaller的效率GATK的HaplotypeCaller 應(yīng)該是目前最常用的變異檢測(cè)軟件，尤其是在人類基因組上。不過HaplotypeCaller的速度相對(duì)于其他軟件，例如bcftools,...
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3. SNP Calling以GATK流程為例，簡(jiǎn)單來說，SNP Calling主要包括以下幾步： 1. 給參考基因組建立索引：samtools faidx、bwa index, gatk Create...
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GATK4.1 call SNP
GATK4.0 和之前的版本相比還是有較大的不同，更加趨于流程化。 軟件安裝 點(diǎn)擊此處 查看最新版本 GATK 簡(jiǎn)單說明 GATK分析簡(jiǎn)要流程 所需數(shù)據(jù) ref.fa rea...
