WGCNA圖文詳解(七)-eigengene network的可視化 還是老習慣，給出官網教程，至于你是看還是不看，它就在那里，等著你的深入研究～ https://horva...
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小鬼的WGCNA圖文詳解(七)-eigengene network的可視化 -
WGCNA（2a）：一步法完成網絡構建和模塊檢測在上一篇帖子上完成了表達量數(shù)據(jù)和表型數(shù)據(jù)的整理，這篇文章將進行網絡構建和模塊檢測。 WGCNA（1）：R包安裝及數(shù)據(jù)導入清洗 - 簡書 (jianshu.com)[https...
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WGCNA（1）：R包安裝及數(shù)據(jù)導入清洗WGCNA：加權基因共表達網絡分析，簡而言之，就是將基因劃分為若干個模塊，探究與表型數(shù)據(jù)與基因模塊之間的相關關系，并找到模塊中的核心基因。 適用于復雜的數(shù)據(jù)模式，推薦5組(或...
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WGCNA（2b）：分步法完成網絡構建和模塊檢測
在前兩篇帖子中介紹了數(shù)據(jù)的導入清洗，以及一步法構建網絡，這篇文章將介紹網絡構建的第二種方法，分步法。WGCNA（1）：R包安裝及數(shù)據(jù)導入清洗 - 簡書 (jianshu.co...
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作者你好呀，想請問一下為什么要去掉Q矩陣的最后一列呢？
重測序分析（16）GWAS分析實操（2）gwas_emmax_Q
使用Q矩陣作為協(xié)變量使用emmax進行GWAS分析 數(shù)據(jù)準備 1.上個推文中vcf轉的tped文件snp_filter.mapsnp_filter.nosexsnp_filt...
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實操|rrBLUP包RRBLUP數(shù)據(jù)處理 VCF轉為 rrBLUP {-1,0,1} 格式 rrBLUP可識別的基因型格式為 {-1,0,1} （行頭為marker，列為sample），因此需要對基本數(shù)據(jù)...
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想請教一下怎么進行k折交叉驗證呢
【GS模型】全基因組選擇之rrBLUP
[toc] 1. 理論 rrBLUP是基因組選擇最常用的模型之一，也是間接法模型的代表。回顧一下，所謂間接法是指：在參考群中估計標記效應，再結合預測群的基因型信息將標記效應累...
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「GATK 4」如何提高HaplotyperCaller的效率GATK的HaplotypeCaller 應該是目前最常用的變異檢測軟件，尤其是在人類基因組上。不過HaplotypeCaller的速度相對于其他軟件，例如bcftools,...
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3. SNP Calling以GATK流程為例，簡單來說，SNP Calling主要包括以下幾步： 1. 給參考基因組建立索引：samtools faidx、bwa index, gatk Create...
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GATK4.1 call SNP
GATK4.0 和之前的版本相比還是有較大的不同，更加趨于流程化。 軟件安裝 點擊此處 查看最新版本 GATK 簡單說明 GATK分析簡要流程 所需數(shù)據(jù) ref.fa rea...
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群體遺傳學一-SNP calling
使用BWA+samtools+gatk4.0進行SNP calling 首先下載數(shù)據(jù)eg： 01.align 首先定義相關用到的變量，然后使用baw創(chuàng)建索引之后進行map。 ...
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GATK4變異檢測（bwa+samtools+Picard+GATK）一.軟件下載安裝 ??bwa：https://github.com/lh3/bwa[https://github.com/lh3/bwa]安裝及命令詳解參考：http://st...
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Linux常用命令詳解 | md5sum 文件一致性校驗
一、簡介 md5sum計算檢驗MD5效驗碼。MD5算法常常被用來驗證網絡文件傳輸?shù)耐暾裕乐刮募蝗舜鄹摹D5全稱是報文摘要算法（Message-Digest Algor...
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用ANNOVAR自建數(shù)據(jù)庫注釋基因組
annovar簡介 在我們做重測序，或者比較基因組學分析的時候，我們往往在call snp或者indel的時候，需要對我們的變異位點進行注釋，而annovar官網提供的注釋庫...
