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發簡信
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SNP數據構建系統進化樹大概是長期的不鍛煉使得今天的爬山運動過量了，接著悲劇就是無法入眠。也幸虧明天是周日，干脆就起床碼字了。總結下自己前面用snp構建系統進化樹的方法吧。 1.構建進化樹的算法 構...
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困擾的batch effect一、什么是批次效應 批次效應（batch effect），表示樣品在不同批次中處理和測量產生的與試驗期間記錄的任何生物變異無關的技術差異。批次效應是高通量試驗中常見的變異來源...
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遺傳學 博士研究生在讀
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比起原文少了些關鍵的判斷，建議看原文
R語言機器學習-caret
介紹 caret包（Classification and Regression Training）是一系列函數的集合，它試圖對創建預測模型的過程進行流程化。本系列將就數據預處...
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methylKit 統計方法
methylKit可以用來尋找DMR/DMC，其統計方法如下： logistic regression Fisher exact test 有重復時methylKit調用 l...
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GSEA相關筆記整理網頁上關于GSEA富集分析的教程很多，對自己這個生信小白來說比較簡單通俗易懂的當數生信寶典和生信技能樹的教程了。感謝大佬們的付出。下面是自己整理的個人學習筆記，可能有理解不對...
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Gene body甲基化
開花植物中可根據甲基化富集的區間將基因分為五類： UM（umethylated genes）在gene body上三種甲基化context都不富集 gbM（gene body...
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搞懂illumina nextera Tn5 和ATAC seq adaptor 序列在準備NGS文庫的時候，會有用到轉座酶Tn5，Nextera DNA Library Preparation Kit ，比如ATAC-seq就有用到這個Tn5。轉座酶攜帶有特...
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使用 edgerTMM 算法對 bw 文件的均一化并且根據 bigwig 文件和候選區域 bed 文件用 R 繪制熱圖鏈接來源 一切版權來源參考鏈接：此處只是用來記錄和不能出去的情況。 Tutorial: Normalization of BigWig files using TMM fro...
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什么時候可以畢業?_?
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轉座子的基本概念了解分類 轉座元件，是一種跳躍基因，是指一段DNA序列由基因組的一個位置跳躍到另一個位置，由Barbara McClintock教授在大約五十年前發現。轉座子主要包含兩種類型：一...
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我不知道，自己可以走多遠；但不努力奔跑，一定走不遠1. 昨天在圖書館，被坐在對面的留學生問：“are you tired?” 聽到這個問題的那一瞬間，我竟不知道怎么去回答。 可能在旁觀者的他看來，這個女生已經將近半個月都沒有...
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植物：<br>細胞遺傳<br>系統進化<br>wudandan90@163.com
