發簡信
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GSEA相關筆記整理網頁上關于GSEA富集分析的教程很多，對自己這個生信小白來說比較簡單通俗易懂的當數生信寶典和生信技能樹的教程了。感謝大佬們的付出。下面是自己整理...
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Seurat：計算cluster的細胞比例和繪制堆疊條形圖
計算各個cluster的細胞數； table(Idents(pbmc)) 定義對應每個cluster對應的細胞類型，也可將ident改為相應的細...
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小記
因為6月份開始備考執醫，加上其他實驗在做，斷更了許久。后續會慢慢恢復到生信學習的狀態。最近也在整理自己分析的單細胞數據結果，感覺不是特別滿...
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Seurat （v3.0）object的結構組成assay的slots主要有6個： counts：主要是 counts或者TPKM的raw data，未經normalized data：是經過...
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如何將Seurat3.0版本的object轉換為monocle的CDS
之前Monocle2直接輸入Seurat object只適用于Seuratv2.0版本的Seurat object。官方也在github上的is...
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monocle常用命令總結
Monocle是單細胞分析的常用R包之一，可進行細胞類型鑒定、差異表達、偽時間分析等。 1.安裝Monocle 支持環境R3.4以上版本 獲取M...
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找出cluster的差異基因并進行GO和KEGG分析
單細胞測序數據經Seurat包tsne降維聚類后，得到cluster，如何找出cluster的marker并進行GO、KEGG分析 需要R包：S...
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week2：Dissecting Cell Lineage Specification and Sex Fate Determination in Gonadal Somatic Cells U...C1和C2代表表達Nr2f2的前體細胞 C1:代表早期前體細胞，來源于 E10.5 ~E13.5的性腺體細胞，主要表達標志物Nr2f1，在XY的...
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conda常用命令
剛剛嘗試用conda管理自己用的一些生信軟件，這里記錄常用的一些命令 linux系統上下載并安裝conda： wget -c https://m...