學(xué)個圖，事物都在更新，曼哈頓圖也是，基于ggpp在曼哈頓圖上加個分子結(jié)構(gòu)。 內(nèi)容一：在 ggplot2 繪圖中插入一張圖片（比如一個結(jié)構(gòu)圖或 LOGO）作為裝飾元素 代碼用 ...
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在曼哈頓圖上嵌入的苯分子結(jié)構(gòu) -
RF Diffusion最強擴散式蛋白設(shè)計模型RF Diffusion 是由華盛頓大學(xué)等機構(gòu)開發(fā)的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)生成模型，結(jié)合了 RoseTTAFold 的結(jié)構(gòu)預(yù)測能力與擴散模型的生成能力，能夠在多種設(shè)計任務(wù)中表現(xiàn)出色。其核...
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AlphaFold3（AF3）使用指南AlphaFold3（AF3）既可以通過在線平臺使用，也可在本地部署運行。在線平臺開箱即用，每個賬號每天最多提交20個預(yù)測任務(wù)。AF3 最大的亮點在于它可以預(yù)測由蛋白質(zhì)、核酸...
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Nature同款曼哈頓圖今天給大家分享一個Nature同款曼哈頓圖 模仿的是：Fig. 2: Manhattan plot and spatial mapping of the associatio...
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繪制基因簇和轉(zhuǎn)錄本的 R 包及5種可視化最近在用一款R包geneviewer，很不錯分享給大家。 許多朋友私信詢問如何繪制基因簇和轉(zhuǎn)錄本。在此，我推薦使用 geneviewer，這是一款專門用于繪制基因簇和轉(zhuǎn)錄本的...
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大家有感興趣的圖或者分析可以留言，后面更新今天學(xué)習(xí)這個吧~ 1、準備所要用的包和工具 2、數(shù)據(jù)處理 3、繪制基礎(chǔ)圖 4、潤色圖片 生物信息學(xué)領(lǐng)域非常廣泛，難以一次說盡。我們下次繼續(xù)更新，一起深入學(xué)習(xí)生物信息學(xué)的內(nèi)容！...
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@熬夜拜拜bye_bye https://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/能打開的
順式調(diào)控元件-數(shù)據(jù)分析模塊（上）
基因啟動子順式元件分析是研究基因表達調(diào)控的重要手段之一。 基因啟動子（promoter）是位于基因上游的一段DNA序列，負責(zé)調(diào)控基因的轉(zhuǎn)錄。啟動子中包含許多特定的DNA序列，...
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學(xué)習(xí)ggmapcn高效繪制精美地圖在生物學(xué)和植物學(xué)研究中，地圖作為展示物種分布、分析生態(tài)環(huán)境關(guān)系以及追蹤動態(tài)變化的重要工具，具有不可或缺的作用。 通過地圖，研究人員能夠直觀地呈現(xiàn)植物物種的地理分布范圍，深入探...
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WGCNA(一文完整流程：文獻、步驟、理論）一、文獻 WGCNA（Weighted Gene Co-expression Network Analysis，加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析）是一種用于挖掘高維基因表達數(shù)據(jù)的系統(tǒng)生...
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繪制SNP密度分布圖SNP密度圖是一種常用的遺傳學(xué)數(shù)據(jù)可視化工具，主要用于直觀展示單核苷酸多態(tài)性（SNP）在基因組上的分布密度。 通過該圖，研究者可以有效地分析SNP在不同染色體或基因組區(qū)域的分...
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蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)PPI的可視化一、力導(dǎo)向布局（Force-directed Layout）： 力導(dǎo)向布局可以通過模擬物理力（例如斥力和引力）來擺放節(jié)點，使得相互作用較強的蛋白質(zhì)會被拉得更近，反之則相隔更遠...
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蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)PPI蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)可以幫助我們探索基因家族與哪些蛋白相互作用，挖掘出豐富的信息。不僅限于基因家族，差異表達基因、免疫、脅迫、藥物響應(yīng)相關(guān)基因等，都能通過PPI分析發(fā)現(xiàn)許多有趣的故...
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提取所有擬南芥（Arabidopsis thaliana）WRKY基因的ID為了提取所有擬南芥（Arabidopsis thaliana）WRKY基因的ID，我們可以使用Ensembl Plants或TAIR數(shù)據(jù)庫提供的工具，或者直接從相關(guān)的基因組數(shù)...
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有關(guān)富集分析各種表和圖怎么看的問題富集分析可以繪制很多不同的圖形和兩種結(jié)果表 一、兩種結(jié)果表 1、GO富集分析結(jié)果以及表頭各列的含義如下： 1）ONTOLOGY：表示GO分類的種類，通常有三個主要的類別： ①...
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富集分析go/keggGO和KEGG富集方法以及簡單富集圖的繪制 一、需要準備文件： 基因列表（可以是差異分析的結(jié)果文件或者取交集的交集基因等，有標志的基因Symbol名稱即可），測試文件為DEG...