從0開始，包括軟件安裝，環境設置，原始數據下載，轉換，差異基因分析等整個流程
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請問plantcare現在是不維護了嗎，現在打不開了耶
順式調控元件-數據分析模塊（上）
基因啟動子順式元件分析是研究基因表達調控的重要手段之一。 基因啟動子（promoter）是位于基因上游的一段DNA序列，負責調控基因的轉錄。啟動子中包含許多特定的DNA序列，...
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基因家族分析（一）軟件的準備
基因家族分析軟件安裝指南 在基因家族分析的世界里，軟件安裝是開啟探索之旅的第一步。準備好迎接挑戰了嗎？讓我們一起開始吧！ 第一章：基因家族分析軟件安裝 1.1 使用 Cond...
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曼哈頓圖--R可視化曼哈頓圖(Manhattan plot)是一種GWAS分析中常用的展示基因組數據的散點圖。可以R語言中的qqman、CMplot及ggplot2三個包繪制曼哈頓圖。 基于qq...
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vcf 2 hammp 2024-03-18
第一步，利用GATK中 VariantsToTable 將vcf文件格式轉化 第二步：使用如下R腳本將變量表轉換為hapmap。 注意：僅僅在單倍體，雙等位基因型SNP中得到...
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重測序分析（17）GWAS分析實操（3）gwas_tassel_glmTASSEL利用固定效應線性模型來測試分離位點和表型之間的關聯。該分析可以選擇使用指示基礎總體成員程度的協變量來考慮總群結構。僅主效應模型是使用輸入數據中的所有變量自動構建的...
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使用HMM進行基因家族鑒定？無人不能。寫在前面 很久很久以前，各種原因，我寫過一個帖子，《零基礎-完全重現某個基因家族分析文章（的分析部分）》 http://www.lxweimin.com/p/88075f6c...
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