基因啟動子順式元件分析是研究基因表達調控的重要手段之一。

基因啟動子（promoter）是位于基因上游的一段DNA序列，負責調控基因的轉錄。啟動子中包含許多特定的DNA序列，這些序列可以被特定的轉錄因子識別并結合，從而影響基因的表達。這些特定序列就是順式作用元件（cis-regulatory elements，簡稱順式元件）。

具體同源基因分析的操作

1、準備數據：

從 NCBI、Ensembl 或 UCSC 等公共數據庫下載所需要的文件，或用自己的數據文件。

以水稻為例。首先準備三個文件。基因ID，文件格式為txt；參考基因組的數據，文件格式為 fasta ，一個GIFF3文件，例如：

分別為ID.txt、dna.fa、注釋文件.giff3

2、運用腳本提取啟動子前1500bp

運行兩個腳本，第一個腳本是從 GFF3 文件中提取基因的位置信息并輸出到指定文件；第二個腳本是從基因組序列中提取基因的上下游序列或啟動子區域。

get_gene_locations.pl

獲得位置結果

這就是基因對應的位置等信息~

接下來提取序列

運行 get_upstream_sequences.pl

獲得結果

這就是啟動子前1500bp的序列，將這個上傳到在線網站，網站很多這里介紹?PlantCARE官網

3、PlantCARE官網

提取到序列后，上PlantCARE網站進行預測。選擇文件為gene_weizhi.fa 文件。等網站跑完后，會將結果發至填寫的郵箱。

4、整理數據

網站回來的數據為壓縮包，還要進行，順式調控元件的分析、清理、分類及統計。

運行以下腳本就可實現，第一種處理：刪除未命名的順式元件和無功能注釋的順式元件，進行功能分類和批量替換。

運行腳本

python3 cis_regulatory_element_processor.py

成功獲取

5、開始一次性替換ID，并整理數據

運行代碼，process_and_replace_cis_elements.py

腳本如下：

需要腳本請留言~

下次介紹可視化~

生物信息學領域非常廣泛，難以一次說盡。我們下次繼續更新，一起深入學習生物信息學的內容！

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