一、共介紹8種可視化，今天學(xué)習(xí)前四種 圖一：樣本聚類樹 圖二：模塊層級(jí)聚類樹 圖三：無標(biāo)度網(wǎng)絡(luò)評(píng)估圖（2圖） 圖四：模塊間的相關(guān)性熱圖 圖五：TOMplot 圖六：cytos...
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WGCNA的各種可視化（上） -
如何讓BLAST返回最優(yōu)的一個(gè)搜索結(jié)果，看看你沒有有進(jìn)坑
大部分時(shí)候，我們都是看著別人的教程，然后嘗試處理自己的數(shù)據(jù)，結(jié)果跑完了，如果和預(yù)期相符合就不會(huì)懷疑這個(gè)工具有啥問題。如果你要學(xué)習(xí)生物信息學(xué)，那么有一個(gè)信條一定要記住，不要盲目...
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【基因組學(xué)】好用的基因組學(xué)工具jcvi的安裝及無root權(quán)限安裝latex
寫在前面 jcvi是福建農(nóng)林大學(xué)的唐海寶老師開發(fā)的一款針對(duì)基因組處理的高效工具，學(xué)好這一個(gè)工具可以解決80%以上遇到的基因組學(xué)上的問題。 安裝jcvi 1.Conda一鍵安裝...
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UniProt數(shù)據(jù)庫：Swiss-prot + TrEMBL
介紹 Universal Protein Resource(UniProt)是瑞士生物信息所SIB和歐洲生信中心EBI以及蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)源PIR等三個(gè)機(jī)構(gòu)共同維護(hù)的數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)...
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如何對(duì)基因組序列進(jìn)行注釋基因組組裝完成后，或者是完成了草圖，就不可避免遇到一個(gè)問題，需要對(duì)基因組序列進(jìn)行注釋。注釋之前首先得構(gòu)建基因模型，有三種策略： 從頭注釋(de novo prediction...
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基因結(jié)構(gòu)注釋（4）：整合預(yù)測(cè)結(jié)果參考鏈接 如何對(duì)基因組進(jìn)行注釋[http://www.lxweimin.com/p/931e9821c45a] 從頭預(yù)測(cè)，同源注釋和轉(zhuǎn)錄組整合都會(huì)得到一個(gè)預(yù)測(cè)結(jié)果，相當(dāng)于收集...
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EVM整合注釋及報(bào)錯(cuò)
1 使用conda安裝EVM。conda源的evidencemodeler 不是作者編譯上傳的，所以pasa的依賴和庫都不在，如果是重新創(chuàng)建環(huán)境安裝EVM的話，需要安裝這倆P...
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基因組結(jié)構(gòu)注釋1. 組裝基因組質(zhì)控 得到組裝好的基因組序列之后，首先要使用多種方法評(píng)估組裝質(zhì)量。這里用到2款可用于基因組組裝質(zhì)量評(píng)估的軟件——QUAST和BUSCO。 1.1 quast—...
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非模式生物重復(fù)序列注釋 RepeatModeler2+RepeatMasker4首先安裝RepeatModeler2,RepeatMasker4建議直接去官網(wǎng)下載，解壓安裝。同時(shí)安裝其他包。安裝流程這里不詳細(xì)介紹了，網(wǎng)上有很多。 假設(shè)現(xiàn)在已經(jīng)安裝完畢，并...
