一、共介紹8種可視化，今天學習前四種 圖一：樣本聚類樹 圖二：模塊層級聚類樹 圖三：無標度網絡評估圖（2圖） 圖四：模塊間的相關性熱圖 圖五：TOMplot 圖六：cytos...
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WGCNA的各種可視化（上） -
如何讓BLAST返回最優的一個搜索結果，看看你沒有有進坑
大部分時候，我們都是看著別人的教程，然后嘗試處理自己的數據，結果跑完了，如果和預期相符合就不會懷疑這個工具有啥問題。如果你要學習生物信息學，那么有一個信條一定要記住，不要盲目...
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中科院碩博生一枚，用簡書來記錄自己精讀paper和學習生信的過程。
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【基因組學】好用的基因組學工具jcvi的安裝及無root權限安裝latex
寫在前面 jcvi是福建農林大學的唐海寶老師開發的一款針對基因組處理的高效工具，學好這一個工具可以解決80%以上遇到的基因組學上的問題。 安裝jcvi 1.Conda一鍵安裝...
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UniProt數據庫：Swiss-prot + TrEMBL
介紹 Universal Protein Resource(UniProt)是瑞士生物信息所SIB和歐洲生信中心EBI以及蛋白質數據源PIR等三個機構共同維護的數據庫。該數據...
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“最后結果transcripts.fasta.transdecoder.gff3用于提供給EvidenceModeler”，原文是否出現了筆誤？
應該是將transcripts.fasta.transdecoder.genome.gff3提供給EVM？后續也確實這樣操作了。如何對基因組序列進行注釋
基因組組裝完成后，或者是完成了草圖，就不可避免遇到一個問題，需要對基因組序列進行注釋。注釋之前首先得構建基因模型，有三種策略： 從頭注釋(de novo prediction...
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如何對基因組序列進行注釋基因組組裝完成后，或者是完成了草圖，就不可避免遇到一個問題，需要對基因組序列進行注釋。注釋之前首先得構建基因模型，有三種策略： 從頭注釋(de novo prediction...
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基因結構注釋（4）：整合預測結果參考鏈接 如何對基因組進行注釋[http://www.lxweimin.com/p/931e9821c45a] 從頭預測，同源注釋和轉錄組整合都會得到一個預測結果，相當于收集...
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EVM整合注釋及報錯
1 使用conda安裝EVM。conda源的evidencemodeler 不是作者編譯上傳的，所以pasa的依賴和庫都不在，如果是重新創建環境安裝EVM的話，需要安裝這倆P...
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基因組結構注釋1. 組裝基因組質控 得到組裝好的基因組序列之后，首先要使用多種方法評估組裝質量。這里用到2款可用于基因組組裝質量評估的軟件——QUAST和BUSCO。 1.1 quast—...
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非模式生物重復序列注釋 RepeatModeler2+RepeatMasker4首先安裝RepeatModeler2,RepeatMasker4建議直接去官網下載，解壓安裝。同時安裝其他包。安裝流程這里不詳細介紹了，網上有很多。 假設現在已經安裝完畢，并...
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比較基因組學分析1：構建單拷貝基因樹比較基因組學分析目錄 1：單拷貝基因構建物種樹以及計算分化時間[http://www.lxweimin.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴張分析[ht...
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Linux下pfam_scan的使用
做基因功能注釋都會特別注意基因上有什么功能結構域，通常我們認為，結構域決定了這個基因的功能。隨著高通量測序技術的發展，我們完全可以通過一級序列來預測該基因的結構域，pfam數...
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Counts FPKM RPKM TPM CPM 的轉化
一、什么是RPKM、 FPKM、TPM、CPM RPKM, FPKM and TPM, clearly explained - StatQuest!!
2023-07-21使用Trinity進行轉錄組De novo組裝(無參)軟件安裝與下載 運行數據 功能注釋 組裝后的文件就是轉錄本文件在未消除樣品之間的差異之前，用TPM來比較勉強可以，但是FPKM不行。
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轉錄組分析——STAR+RSEM+Deseq2STAR+RSEM+Deseq2視頻課程鏈接已經公開, https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN?p=8[https://www...
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orthofinder安裝及使用教程安裝orthofinder 使用conda安裝 安裝軟件前，先設置一個小環境，不要直接在自己賬戶的當前環境內安裝軟件；你可以創建很多小環境名，有的小環境壞了，你不要就可以了...
