寫在前面
jcvi是福建農林大學的唐海寶老師開發的一款針對基因組處理的高效工具，學好這一個工具可以解決80%以上遇到的基因組學上的問題。
安裝jcvi
1.Conda一鍵安裝
conda create -y -c bioconda -n jcvi jcvi
2.使用時需要啟動環境
conda activate jcvi
3.在此基礎上可以更新到最新版的JCVI (Github版本會不斷的增加新功能并修訂bug）
pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git
安裝額外的依賴環境
- Kent tools
- BEDTOOLS
- EMBOSS
- LAST
- LaTex
conda 安裝BEDTOOLS、EMBOSS、LAST。
conda install -y -n jcvi -c bioconda bedtools emboss last
本以為安裝完jcvi后就可以完事大吉了，沒想到后面繪制物種共線性分析圖，能拿到分析結果，但是卻不能生成圖像來保存，報錯的原因就是沒有安裝Latex，于是就引出下文Latex的安裝。
手動安裝Latex
1.清華開源網站獲取下載鏈接并運行安裝命令
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CTAN/systems/texlive/Images/
找到texlive.iso這個文件，下載到windows本地，然后解壓縮，通過Winscp上傳到云端服務器。
mkdir -p latex && cd latex
perl install-tl
2.按軟件提示進行操作
我們需要輸入D進入更改界面，然后輸入1，輸入我們目標安裝路徑(如我的是：/home6/trainees/biosoft/latex)，輸入R回到主目錄，最后輸入I進行安裝。
3.添加到環境變量，并試運行軟件
上一步操作后會得到如下命令。
Add /home/biosoft/latex/texmf-dist/doc/man to MANPATH.
Add /home/biosoft/latex/texmf-dist/doc/info to INFOPATH.
Most importantly, add /home/biosoft/latex/bin/x86_64-linux
to your PATH for current and future sessions.
接下來只需要按提示操作。
vim ~/.bashrc
export MANPATH=$MANPATH:/home/biosoft/latex/texmf-dist/doc/man
export INFOPATH=$INFOPATH:/home/biosoft/latex/texmf-dist/doc/info
export PATH="$PATH:/home/biosoft/latex/bin/x86_64-linux"
最后別忘了source一下。
進行到這一步軟件安裝就大功告成了，我們可以查看一下軟件的位置。
which latex
~/biosoft/latex/bin/x86_64-linux/latex
安裝到這個地方，如果要運行的話，會有報錯，報錯信息如下：
我查了查這個問題，是python沒有安裝more_itertools這個模塊導致的，解決辦法也很簡單，直接用pip安裝就好了。
pip install more-itertools
安裝完這個以后，又出現了另外的報錯，也是缺少依賴的包導致的。
解決辦法是，逐個采用pip install安裝就好了，最終就能使用了。
參考鏈接
1.https://mp.weixin.qq.com/s/8X9UPt2q1WsTPMAmuGUuXw
2.https://mp.weixin.qq.com/s/Xf9nHia7OgX63DVpNzz8UQ
