挖掘公共單細胞數據集時，會遇到常見各種單細胞測序數據格式。現總結如下，方便自己日后調用，以創建Seurat對象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
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Seurat包之導入單細胞數據方式匯總 -
Seurat 新版教程：分析空間轉錄組數據隨著轉錄組技術的發展，空間轉錄組已經正式走向商業化時代，作為單細胞數據分析的工具箱的Seurat與時俱進，也相應地開發了空間轉錄組分析的一套函數，讓我們跟隨卑微小王看看Seu...
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關閉PS和AI的版權提示框在使用Adobe系列軟件時，若沒有正版授權，則會出現彈窗，該彈窗是由Adobe Genuine Service 軟件彈出的，且該彈窗無法關閉，下文介紹如何永久關閉該彈窗。（而...
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@abdkxk 因為我沒有構建SpatialDimPlot的image對象，這部代碼比較多就沒放，你可以手動按照Seurat的格式構建一下就好（主要是因為這個函數可視化不好看，我們一般都不用
將R環境下的Seurat RDS格式數據轉化成為到python環境下scanpy的anndata格式
無論是單細胞、空間組還是ATAC的數據，有時由于下游分析的需求或可視化的需求，同時由于python的運算速度的優勢，目前越來越多單細胞分析的工具開始在python環境下開發（...
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R 進階cheat sheet一、數據框切片 去掉數據框具體某一列一階：切片，不要那個就負號去除，例如df[,c(-1,-3,-5)]。顯然如果數據框比較大，又是中間的項，就比較難數到具體數字。而且只有函...
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R語言可視化（四十）：網絡圖繪制40. 網絡圖繪制 清除當前環境中的變量 設置工作目錄 使用igraph包繪制網絡圖 使用ggraph包繪制網絡圖 使用networkD3包繪制動態網絡圖
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ROGUE：評估細胞亞群純度說在前面 我們在前面通過3篇推文介紹了張澤民老師的系列研究成果張澤民老師系列文章解讀(一)[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5...
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大數據量單細胞數據處理方式
單細胞數據爆發，現在細胞數據隨便就是萬和百萬級別，除了有許多專門開發出來快速處理百萬級的工具包（例如Cumulus等）和down sample的思想外，為了減輕個人PC內存有...
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RNA-seq入門實戰（六）：GO、KEGG富集分析與enrichplot超全可視化攻略本節概覽：1.獲取DEG結果的上下調差異基因2.bitr()函數轉化基因名為entrez ID3.利用clusterProfiler進行KEGG與GO富集4.用enrichp...
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Seurat 報錯記錄
bug千千萬，改完又忘，忘了又出…… 記錄在Seurat分析中各種各樣的花式bug們???? 1. FindVariableFeatures()報錯 這個是RNA這個assays...
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【基因組學】使用IGV可視化查看基因組重測序比對結果寫在前面IGV能夠將基因組的變異情況可視化，因此廣泛應用于基因組學的研究中。下面我以windows下的IGV為例，介紹一下IGV在查看基因組變異方面的應用。 一.下載 下載鏈...
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比對軟件STAR的使用
在之前的學習和練習里，比對這一步我使用過bowtie2（DNA比對）和hisat2（RNA-seq比對），現在學習另一個很火的軟件：STAR。STAR能夠發現非典型拼接和嵌合...
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03 從reads到表達矩陣3.1 參考基因組及其注釋 Genome Biology | 最細RNA-seq數據分析名詞[https://zhuanlan.zhihu.com/p/609523917] ...
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nature級別圖表：一個注釋氣泡熱圖函數（適用于單細胞及普通數據）之前我們寫過一個函數，主要是展示單細胞比例圖（nature級別圖表：單細胞轉錄組細胞比例統計可視化函數[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg...
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R包DropletUtils使用bioconductor-DropletUtils使用教程：Utilities for handling droplet-based single-cell RNA-seq ...
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單細胞測序上游分析-從原始數據到cellranger定量單細胞系列教程目錄索引,持續更新...[http://www.lxweimin.com/p/98fc6c80c216] 為避免造成環境污染，建議使用conda創建隔離環境進行...
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為什么 BAM 文件 sort 之后體積會變小
測序數據比對結果 BAM 文件用 samtools 進行 sort 之后發現體積變小了...當時懷疑是不是 sort 過程中有一部分 reads 被丟棄了？于是統計了一下原始...
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endnote參考文獻的style格式修改1）從網上下載模板 用endnote打開下載的ens格式文件然后將它保存為想要的名字 重啟word，從select another style選擇對應格式即可 2）新建end...
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提取基因組fasta與比對bam/sam文件序列二代、三代測序被廣泛應用，組學數據爆發，經常會遇到需要可視化比對效果的情況，常用的可是化工具就是IGV, samtools, tablet等，但是在本地處理的時候，經常會由于...
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IGV基因組瀏覽器打開BAM文件查看reads比對情況輸入文件有：物種基因組序列文件、物種基因組注釋文件、轉錄本比對后的BAM文件；以斑胸草雀為例：-基因組注釋文件: GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri...