你這個序列長度都是大于500嗎？
基因家族分析（4）：基因家族蛋白質模體鑒定與可視化本文主要工作使用meme鑒定了SBT家族的蛋白質模體組成對meme鑒定結果進行處理并用ggplot2進行可視化 4.蛋白質與基因結構可視化分析 4.1 蛋白質模體預測 Pro...
IP屬地：廣東
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@逐鴻 如果是你的目標基因就保留提取相應的序列 是吧
基因家族分析（2）：基因家族鑒定與蛋白質性質簡單分析
本文主要工作內容：（1）使用HMM和NCBI-CDD對基因家族進行鑒定（2）使用幾個網站對基因家族表達蛋白質的簡單性質進行分析 2.基因家族鑒定與基本特征探究 2.1 基因家...
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用Python提取FASTA中最長轉錄本在對拼裝或者數據庫下載的序列文件進行下一步分析時，我們通常會對序列進行去冗余操作，其中經常需要提取同一個‘gene’的最長轉錄本，所以動手用python寫一個腳本。 一、基本...
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請問這個原始數據是基因組還是轉錄組數據呢
用Python提取FASTA中最長轉錄本
在對拼裝或者數據庫下載的序列文件進行下一步分析時，我們通常會對序列進行去冗余操作，其中經常需要提取同一個‘gene’的最長轉錄本，所以動手用python寫一個腳本。 一、基本...
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基因家族分析（2）：基因家族鑒定與蛋白質性質簡單分析本文主要工作內容：（1）使用HMM和NCBI-CDD對基因家族進行鑒定（2）使用幾個網站對基因家族表達蛋白質的簡單性質進行分析 2.基因家族鑒定與基本特征探究 2.1 基因家...
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@逐鴻 cdd的結果有一個short_name 是你說的這個說明吧？
基因家族分析（2）：基因家族鑒定與蛋白質性質簡單分析
本文主要工作內容：（1）使用HMM和NCBI-CDD對基因家族進行鑒定（2）使用幾個網站對基因家族表達蛋白質的簡單性質進行分析 2.基因家族鑒定與基本特征探究 2.1 基因家...
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@學術程稻屬 好呢 謝謝
生信步驟|Orthofinder尋找直系同源基因
在探究功能基因的時候，我們經常需要對所研究的基因/蛋白質進行聚類分組，逐個類群探究蛋白功能。創建同源群可以采用Otrhofinder軟件，該軟件安裝方便，運行快速，調用簡單，...
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請問篩選到的哪個文件是直系同源基因 是Orthogroup_Sequences？ 謝謝
生信步驟|Orthofinder尋找直系同源基因
在探究功能基因的時候，我們經常需要對所研究的基因/蛋白質進行聚類分組，逐個類群探究蛋白功能。創建同源群可以采用Otrhofinder軟件，該軟件安裝方便，運行快速，調用簡單，...
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中科院遺傳發育所在讀博士，研究水稻。關注植物免疫和群體遺傳進化，經常摸魚學生信。同名CSDN分享代碼，歡迎圍觀~
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秋天該很好。
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GeneDoc | 多序列比對總結
1?? 比對軟件對fasta 序列進行比對??比對方法可以有MEGA(ClustalW，Muscle), ClustalX以及MAFFT等軟件。還可以用GeneDoc軟件自身進...
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Seqkit小工具處理序列、提取序列IDSeqkit是一款專門處理fsata/q序列文件的軟件，由go語言編寫，功能比較完善，軟件使用也很穩定。 優點1.能夠非常全面的處理fasta/q文件，運行速度超快的序列工具...
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請問這里用了什么軟件看結構域的 沒明白
基因家族分析（2）：基因家族鑒定與蛋白質性質簡單分析
本文主要工作內容：（1）使用HMM和NCBI-CDD對基因家族進行鑒定（2）使用幾個網站對基因家族表達蛋白質的簡單性質進行分析 2.基因家族鑒定與基本特征探究 2.1 基因家...
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鑒定成功后，我們點擊Download下載結果文件，并將它上傳(復制)到服務器上。我們這里認定SBT蛋白質家族都含有Peptidases_S8這一保守結構域，因此我們依據結果文件對每條序列中是否含有保守結構域進行篩選，發現第十條序列中并不存在相應的保守序列，因此我們結合這一結果得到最后的蛋白質序列。對其中的序列數進行統計，發現共有54條序列，與文獻中鑒定數量保持一致。
作者：逐鴻
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來源：簡書
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本文主要工作內容：（1）使用HMM和NCBI-CDD對基因家族進行鑒定（2）使用幾個網站對基因家族表達蛋白質的簡單性質進行分析 2.基因家族鑒定與基本特征探究 2.1 基因家...
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更加清晰辣 棒棒
Motif / Domain / Gene family
Motif Motif 是超二級結構α+β組成， Domain 與其他區域相對獨立，僅有一處相連，domain可以由幾個motif形成。一個基因轉錄的蛋白質分子中可以包含多個...
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Motif / Domain / Gene familyMotif Motif 是超二級結構α+β組成， Domain 與其他區域相對獨立，僅有一處相連，domain可以由幾個motif形成。一個基因轉錄的蛋白質分子中可以包含多個...
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@鞏翔宇Ibrahimovic 哈哈 謝謝
2022年度總結及2023展望
2022年是比較魔幻的一年，2月份在海南遭遇了有史以來最大皮肉之苦，整個人從電瓶車上摔了下來，身上七七八八的擦傷，打完補丁后仿佛是個木乃伊，好在沒有破相和傷到骨頭。認識到了電...
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【科研相關】使用PPT進行科研繪圖(一)寫在前面????PPT堪稱是個神器，不僅能做presentation，還能做Figure，而且上手還容易，畢竟大多數人從初中甚至小學就開始接觸了。我就利用封控期間，學習了一下...
