在對(duì)拼裝或者數(shù)據(jù)庫(kù)下載的序列文件進(jìn)行下一步分析時(shí)，我們通常會(huì)對(duì)序列進(jìn)行去冗余操作，其中經(jīng)常需要提取同一個(gè)‘gene’的最長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本，所以動(dòng)手用python寫(xiě)一個(gè)腳本。 一、基本...
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用Python提取FASTA中最長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本 -
基因家族分析（2）：基因家族鑒定與蛋白質(zhì)性質(zhì)簡(jiǎn)單分析本文主要工作內(nèi)容：（1）使用HMM和NCBI-CDD對(duì)基因家族進(jìn)行鑒定（2）使用幾個(gè)網(wǎng)站對(duì)基因家族表達(dá)蛋白質(zhì)的簡(jiǎn)單性質(zhì)進(jìn)行分析 2.基因家族鑒定與基本特征探究 2.1 基因家...
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GeneDoc | 多序列比對(duì)總結(jié)
1?? 比對(duì)軟件對(duì)fasta 序列進(jìn)行比對(duì)??比對(duì)方法可以有MEGA(ClustalW，Muscle), ClustalX以及MAFFT等軟件。還可以用GeneDoc軟件自身進(jìn)...
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Seqkit小工具處理序列、提取序列IDSeqkit是一款專門(mén)處理fsata/q序列文件的軟件，由go語(yǔ)言編寫(xiě)，功能比較完善，軟件使用也很穩(wěn)定。 優(yōu)點(diǎn)1.能夠非常全面的處理fasta/q文件，運(yùn)行速度超快的序列工具...
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Motif / Domain / Gene familyMotif Motif 是超二級(jí)結(jié)構(gòu)α+β組成， Domain 與其他區(qū)域相對(duì)獨(dú)立，僅有一處相連，domain可以由幾個(gè)motif形成。一個(gè)基因轉(zhuǎn)錄的蛋白質(zhì)分子中可以包含多個(gè)...
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【科研相關(guān)】使用PPT進(jìn)行科研繪圖(一)寫(xiě)在前面????PPT堪稱是個(gè)神器，不僅能做presentation，還能做Figure，而且上手還容易，畢竟大多數(shù)人從初中甚至小學(xué)就開(kāi)始接觸了。我就利用封控期間，學(xué)習(xí)了一下...
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【科研相關(guān)】有機(jī)化合物的系統(tǒng)命名法
寫(xiě)在前面????最近由于課題需要，接觸了些有機(jī)化合物的結(jié)構(gòu)式，我首先想弄明白的是，它的編號(hào)是怎么來(lái)的，搜索了一下優(yōu)質(zhì)內(nèi)容。花了半小時(shí)看完以后，仿佛回憶起自己高中和本科學(xué)過(guò)的那...
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orthofinder安裝及使用教程安裝orthofinder 使用conda安裝 安裝軟件前，先設(shè)置一個(gè)小環(huán)境，不要直接在自己賬戶的當(dāng)前環(huán)境內(nèi)安裝軟件；你可以創(chuàng)建很多小環(huán)境名，有的小環(huán)境壞了，你不要就可以了...
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phylosuite提取葉綠體蛋白編碼基因構(gòu)建Ml樹(shù)1.利用phylosuite軟件根據(jù)NCBI號(hào)提取genbank格式的序列文件 file--input file...or ID(s) ---在input by IDs 處粘...
