發簡信
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生信步驟|Orthofinder尋找直系同源基因
在探究功能基因的時候，我們經常需要對所研究的基因/蛋白質進行聚類分組，逐個類群探究蛋白功能。創建同源群可以采用Otrhofinder軟件，該軟件...
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生信步驟|EffectorP批量預測病原物效應子EffectorP軟件利用機器學習原理，通過事先收集已知的效應子制備訓練集，從而實現病原真菌和卵菌的效應子預測[1]。 EffectorP發展史...
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生信步驟|原核生物基因組注釋--Prokka
全基因組注釋是鑒定生物基因組特征的過程。Prokka是一個適用于原核生物基因組注釋工具，可以注釋細菌，古菌和病毒基因組。Prokka在預測基因組...
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生信步驟｜MAFFT結合HMMER進行多序列比對和基于隱馬模型的基因搜索蛋白質都是由相似的小型結構域組成的。如果我們有若干個已知的蛋白序列，那我們就可以根據這些蛋白序列比較其含有的保守域，尋找在蛋白數據庫中上是否也有...
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生信步驟|轉錄組mRNA數據的有參組裝轉錄組的組裝能夠提供豐富的組學信息，是生物信息學中重要的基礎步驟。測序的下機數據經過過濾，比對，排序，組裝，最終得到轉錄本的全部序列信息。下面我...
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生信步驟|kmc+genomescope進行基因組調查在組裝未知基因組時，往往需要利用重測序數據提前進行基因組調查，以獲取其基因組規模，雜合率，重復序列比例，GC含量等信息。從而更好地擬定后繼測序策...
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每周文獻|小麥白粉病擴展與全球貿易人類活動與病原物的擴散息息相關。馴化和育種事件會加速病原物群體擴張。小麥白粉病是由白粉病真菌(Blumeria graminis f. sp. ...
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遺傳統計|MSMC推斷群體歷史動態Multiple Sequentially Markovian Coalescent (MSMC)是一種利用馬爾可夫模型推斷群體動態歷史和群體結...
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每周文獻|馬鈴薯泛基因組揭示進化歷史馬鈴薯是全球性的重要作物，目前商業種植主要采用的是同源四倍體馬鈴薯塊莖，運輸和種植都多有不便。因此如果能使用二倍體馬鈴薯種子種植將會降低種植成本...