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Biopython 學(xué)習(xí)記錄(1)：安裝與體驗
在利用python語言處理生物信息學(xué)數(shù)據(jù)時，利用一些成熟的模塊或類可以降低我們處理數(shù)據(jù)的難度，提高速度與增加靈活性。Biopython就是這樣的...
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基因組比對專題——sam文件格式詳解(2)
在最近的學(xué)習(xí)工作中，我越來越認(rèn)識到生物信息學(xué)分析重要的基礎(chǔ)之一是對文件格式與含義有著深刻的認(rèn)識。因此，在深入了解比對之前，必須對其中所要用到的文...
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基因組比對專題--sam文件格式詳盡解讀 (1)
在最近的學(xué)習(xí)工作中，我越來越認(rèn)識到生物信息學(xué)分析重要的基礎(chǔ)之一是對文件格式與含義有著深刻的認(rèn)識。因此，在深入了解比對之前，必須對其中所要用到的文...
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基因家族分析（6）：基因家族順勢作用元件可視化本文主要工作：對SBT基因家族的順式作用元件進(jìn)行可視化 4.3 順式作用元件可視化 順式作用元件是位于基因組上的非編碼序列，它一般位于基因序列的...
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基因家族分析（5）：基因家族基因結(jié)構(gòu)可視化本文主要工作：對SBT基因家族的基因結(jié)構(gòu)進(jìn)行可視化呈現(xiàn) 4.2 基因結(jié)構(gòu)可視化 可視化基因結(jié)構(gòu)，無非就是展示基因區(qū)域的組成：3’,5’-UTR，...
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基礎(chǔ)分子結(jié)構(gòu)(1): exon, intron, CDS, ORF, 3',5'-UTR分子生物學(xué)是生物學(xué)的分支，它致力于在分子層面對生命進(jìn)行研究。換句話說，它主要聚焦于對DNA、RNA和蛋白質(zhì)及它們之間的相互作用。分子生物學(xué)的基礎(chǔ)...
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基因家族分析（4）：基因家族蛋白質(zhì)模體鑒定與可視化本文主要工作使用meme鑒定了SBT家族的蛋白質(zhì)模體組成對meme鑒定結(jié)果進(jìn)行處理并用ggplot2進(jìn)行可視化 4.蛋白質(zhì)與基因結(jié)構(gòu)可視化分析 ...
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基因家族分析（3）：序列比對與進(jìn)化樹構(gòu)建本文主要工作：(1) 按前期處理鳳梨所需分析數(shù)據(jù)下載并處理擬南芥分析數(shù)據(jù)(2) 對擬南芥和鳳梨 SBT基因家族cds序列進(jìn)行比對，并構(gòu)建進(jìn)化樹文...
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基因家族分析（2）：基因家族鑒定與蛋白質(zhì)性質(zhì)簡單分析本文主要工作內(nèi)容：（1）使用HMM和NCBI-CDD對基因家族進(jìn)行鑒定（2）使用幾個網(wǎng)站對基因家族表達(dá)蛋白質(zhì)的簡單性質(zhì)進(jìn)行分析 2.基因家族鑒定...