Day3 Linux環境下的軟件安裝

安裝壓縮軟件

信息來源的鏈接

生信星球

輸入bzip2,阿里云會顯示I won't write compressed data to terminal,說明你沒有這個壓縮軟件,那么就需要安裝
安裝bzip2:輸入yum install -y bizp2.跟教程不一樣的是我這里顯示的是Package.....Nothing to do.
下載MIniconda. 使用谷歌搜索miniconda.進入網址 Miniconda - Condaconda,復制Linux的miniconda的下載腳本bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
在Linux界面輸入cd biosoft,再輸入wget并空格點右鍵,

實際界面

安裝miniconda。輸入bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
實際界面

一直按enter,直到出現這個畫面
是否接受呢

當然輸入yes。
然后敲一下enter。會出現如下畫面
image.png

如圖所示輸入yes,坐等成功。
看到這個畫面就是成功了

還要特別交代需要輸入source ~/bashrc進行激活,不過我并沒有輸入。然后在命令行輸入conda
出現滿屏信息就說明成功了,出現一行簡短的報錯信息就是有問題,請重新安裝。(重新安裝1.刪除miniconda這個目錄2.不要刪除安裝包,否則就重新下載3.視頻教程https://share.weiyun.com/5J82I9g密碼:iwcd4k)

添加國內鏡像

特別注意,這容易栽跟頭。把下面的代碼一行一行復制到命令行,粘貼(點擊鼠標右鍵)、回車
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

1.輸入conda list
2.搜索軟件輸入conda search fastqc(不輸入鏡像不行)
3.安裝軟件 conda install fastqc -y(加上-y是自動安裝,你可以試試不加-y有什么區別),默認安裝最新版本,但是有的軟件新版本bug比較多,可能需要用到老版本,如果要指定版本號,可以conda install fastqc-0.11.7 -y
4.卸載軟件conda remove fastqc -y.
這一期就到這里吧,趕時間。


思維導圖
?著作權歸作者所有,轉載或內容合作請聯系作者
平臺聲明:文章內容(如有圖片或視頻亦包括在內)由作者上傳并發布,文章內容僅代表作者本人觀點,簡書系信息發布平臺,僅提供信息存儲服務。

推薦閱讀更多精彩內容