個人學習筆記，轉載鏈接如下：
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Bioconda是一個自動化管理生物信息軟件的工具，就像APPstore、360軟件管家一樣。
Bioconda的優點是安裝簡單，各個軟件依賴的環境一同打包且相互隔離，非常適合在服務器中建立自己的生物信息分析環境下載和安裝miniconda
bioconda的使用首先需要安裝miniconda
(從中科大源安裝miniconda3最新版)
wget https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
下載完成后，在終端鍵入bash命令進行安裝：
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
之后按照提示點擊回車，輸入要安裝的位置，或者輸入yes
輸入yes后，還沒有完成最后安裝，還需要source一下：
source ~/.bashrc
輸入“conda list”來查看已經安裝的軟件：
-
添加channels
conda config --add channels conda-forge conda config --add channels defaults conda config --add channels r conda config --add channels bioconda conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda config --set show_channel_urls yes
先添加的channel優先級靠后，故最后添加清華bioconda源地址，然后是中科大源，最后為官方源。
科大有bioconda源了 ，可以將其優先級設置為最高
目前只有清華的源可以用，可以暫時刪除科大bioconda源（20190731）
conda config --remove channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/刪除channel
查看已經添加的channels：
conda config --get channels
創建名為bioinfo的環境
conda create -y --name bioinfo python=3
激活bioinfo環境
source activate bioinfo
- 更新miniconda
conda update conda
- 卸載miniconda 刪除miniconda的整個文件夾：
rm -rf ~/miniconda#這個命令不靠譜，需要去root文件夾中確認要刪除的miniconda文件夾的名稱,從環境變量中去掉miniconda：打開~/.bashrc文件，刪掉最下面的miniconda的路徑，關閉并保存
5.利用Bioconda安裝生物信息軟件
要通過conda安裝軟件，首先從這里（Available packages）查找該軟件是否被conda支持。如果支持，只需輸入以下命令即可安裝：
conda install fastqc（軟件名）
curl http://data.biostarhandbook.com/install/conda.txt | xargs conda install -y
用list進行安裝會出bug，可以手動安裝，一個一個來。biostar里面提供的軟件不是很合適，可以自己調整。
安裝完成后，可以用“which 軟件名”來查看該軟件安裝的位置：或者再次查看已安裝軟件列表“conda list”
conda默認安裝軟件的最新版本，如果想安裝指定版本的某個軟件，可以先用“conda search 軟件名”搜索軟件版本
星號標記的表示是已經安裝的版本。要安裝其他版本，輸入：
conda install 軟件名=版本號
這時conda會先卸載已安裝版本，然后重新安裝指定版本。
更新指定軟件：
conda update 軟件名
卸載指定軟件：
conda remove 軟件名
創建環境
conda create -y --name wes python=3
查看系統中已有的環境
conda info -e
conda env list
刪除某個環境(名為name的環境)
conda remove -n name --all
