常用Linux生信軟件倉庫 miniconda

一，安裝miniconda

1, yum install -y bzip2 #裝載bzip2壓縮軟件
2，wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #下載miniconda
3, bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #安裝miniconda
4, source ~/.bashrc #激活conda
5, conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config --set show_channel_urls yes #添加清華鏡像

二，使用conda

conda list #查看所有安裝軟件
conda search fastqc #搜索fastqc
conda install fastqc -y #自動安裝fastqc
conda install fastqc=0.11.7 -y #制定版本號安裝老版本
conda remove fastqc -y #卸載

三，conda環境

conda info --envs #查看conda現有環境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #建立一個名叫rnaseq的conda環境，然后指定python版本是3，安裝軟件fastqc、trimmomatic（這兩個可以一步完成）
conda activate rna-seq #激活rna-seq環境
conda remove -n rna-seq fastqc -y #卸載環境