Day 3 Linux環境下軟件的下載和安裝

思維導圖

day3思維導圖.png

準備工作

1.確認壓縮軟件bzip2；
若沒有,需要 yum install -y bzip2安裝

bzip的檢查及安裝

2.Miniconda 的下載及安裝---最方便的軟件下載器
瀏覽器搜索Miniconda找到linux64-bit-python3.7對應的版本→右鍵-復制下載鏈接

cd biosoft→ wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh（復制粘貼為鼠標左鍵及右鍵）。eg：sh是腳本（文件的后綴，也就是說其實這是一個下載的腳本，wget為下載命令

conda的下載和安裝1

bash 運行腳本命令
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

bash

激活 source ~/.bashrc

激活失敗的解決辦法

添加鏡像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

miniconda的使用

查看所有軟件列表：conda list

搜索軟件fastqc：conda search fastqc

安裝fastqc: conda install fastqc -y

卸載fastqc: conda remove fastqc -y

eg: -y表示自動安裝

conda環境

查看環境 conda info --envs
很具需要設置不同的環境，這里以RNA-seq為例
conda create -n rna-seq python=3 fastac trimmomatic -y
此時默認的環境還是base，我們需要激活一下新的環境
conda activate rna-seq
卸載環境中的軟件
conda remove -n rna-seq fastac -y
卸載整個環境需先退出環境conda deactivate,再卸載環境conda remove -n rnaseq -all

學習體驗

今天的學習時間充分一些，早上又把昨天的代碼演示了一遍，感覺很舒服。今天的內容學起來也很順，不像是昨天那么慌亂了。

小發現

發現自己在寫代碼的時候，能夠全身心投入而且不會累！！！