作者，追風少年i
hello，大家好，新的一周，這是今年的第25周，幾乎一半了，不知道大家掙到錢了沒有？？或者有了對象沒有？？？
今天我們來學習構建空間鄰域通訊，看下圖：
我們首先要來學習一個很重要的只是，那就是細胞的niche，這個我之前提到了很多了，The niche，or cell microenvironment，is a critical determinant of the regenerative response。說白了，就是目標細胞類型的微環境，這個微環境，形成了關鍵的“小團伙”，無論是單細胞還是空間轉錄組大量的研究都表明需要細胞類型之間協調相互作用。舉一個簡單的例子：免疫細胞的陰陽功能突出表現在它們在正常修復中的關鍵作用，以及它們在炎癥性肌病、營養不良和衰老中對肌肉功能的破壞。當短暫的促炎信號和巨噬細胞募集啟動傷口愈合反應并激活 MuSCs。 這個過程受到了嚴格的調節，因為肌肉營養不良的持續免疫反應以及高齡炎癥細胞和細胞因子的全身變化，通過一個稱為“炎癥”的過程，與進行性纖維化積累和肌肉功能的進行性喪失有關。這些研究表明，細胞存在于一個微妙的再生生態系統中，在這個生態系統中，與其他細胞類型的互補、相互關聯和相互依賴的關系對于執行它們在重建組織中的程序化功能至關重要。
當然了，單細胞技術已經可以幫助我們研究細胞之間的相互通訊，但是生態位的轉變（一種微環境，其中空間定位的細胞-細胞信號和細胞外基質 (ECM) 相互作用是有效行使生物學功能的關鍵），Spatially restricted regulators可能決定細胞遷移行為和命運。所以空間轉錄組的火熱競爭，正是由于其研究的關鍵價值。
接下來就要構建鄰域通訊了，基于組織內細胞類型的空間排列預測細胞-細胞相互作用網絡。 對于數據集中的每個細胞，使用其源組織內細胞的距離圖來識別由索引細胞及其 10 個最近鄰居組成的生態位或windows(這個地方沒有那么嚴格的界限，比如我們可以設定目標細胞類型的外圍兩層spot作為生態位)。
計算鄰居的細胞類型身份以揭示每個細胞的生態位組成。 為了對每種細胞類型的豐度差異進行歸一化，對生態位組成進行了分位數歸一化，并且成對相互作用的富集顯示為給定細胞類型的所有細胞的生態位的平均分位數。
細胞鄰域是通過根據細胞類型組成對生態位進行聚類來定義的。 簡而言之，所有細胞的niche都使用分辨率為 0.5 的 Leiden 算法進行聚類。 所有組織中總共少于 1000 個細胞的稀缺鄰域被合并到一個未分配的clusters中。 在整個分析過程中，每個組織中的鄰域的豐度聚類。（這是一個新的點，空間鄰域的聚類分析，很方便識別生態位）。
細胞鄰域的富集分析
在每個組織中計數每個細胞鄰域中的細胞類型和細胞數量，歸一化為組織中的細胞總數，這代表了組織中細胞的比例。 隨時間變化的任何給定細胞類型或細胞簇的對數轉換富集計算如下：
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