1.哈醫數據庫①Lnc2Cancer、Lnc2Meth、LncACTdb、MSDD
2.哈醫數據庫②miRSponge、Co-LncRNA、FACER
3.哈醫數據庫③LncMAP、LNCat
4.哈醫數據庫④CellMarker、GPA
5.哈醫數據庫⑤TIP、SEECancer
哈醫大近年來發表了30+個數據庫,看完前面的①-⑤(13個),你會發覺,哈醫大發的數據庫關于lnc的占了蠻大一部分:
lnc
Lnc2Cancer:提供了lncRNA和人類癌癥之間全面的實驗支持的關聯
Lnc2Meth:關于lncrna和與人類疾病相關的DNA甲基化之間的調節關系
LncACTdb:闡明不同疾病中不同類型rna之間的ceRNA關系。并鑒定lncrna相關的competing triplets揭示了癌癥的global patterns和預后標志物Identification of lncRNA-associated reveals global patterns and prognostic markers for cancer
Co-LncRNA:Co-LncRNA通過分析查找與lncRNA共表達的mRNA,構建lncRNA與mRNA之間的共表達網絡,并通過共表達的mRNA對應的GO和KEGG來研究lncRNA的功能
Lncmap:LncMAP數據庫收集整理了20多種腫瘤中相關的lncRNA-TF-gene調控網絡信息
LncCat:存儲了目前可用的24個lncRNA注釋資源的信息,為每個資源提供lncRNA結構的基因組瀏覽器,并從多個角度對這些資源之間的綜合比對分析結果進行可視化。LNCat支持對不同lncRNA注釋資源的快速探索、比較和整合,使研究者能夠在感興趣的區域內實現對lncRNA的精細注釋.(A comprehensive overview of lncRNA annotation resources)
other
MSDD:致力于收集和存儲最新的實驗支持的microrna-snp疾病關聯
miRSponge:miRSponge數據庫(miRSponge)記錄了來自近1000篇文章的手工整理后的11個物種中的576個sponge-miRNA互作和457個ceRNA關聯
FACER: 提供搜索和下載640個功能CRs(33種癌癥類型)的基本信息和多組學特征(表觀遺傳染色質調節劑的分子和功能的綜合表征)(CRS是表觀遺傳染色質調節因子的縮寫)
CellMarker數據庫:旨在為人類和小鼠組織中的各種細胞類型提供一個全面、準確的cell marker資源。
GPA:GPA包含超過3000個不同細胞類型的單基因干擾轉錄組(17769個樣本),涉及628個蛋白質編碼基因,95個miRNA,14個人類miRNA和731個蛋白質編碼基因,39個miRNA,78個小鼠miRNA。
TIP TIP (Tracking Tumor Immunophenotype) is a meta-server,它系統地集成了現有的兩種第三方方法“ssgsea”和“cibersort”,利用RNA序列或微陣列數據(RNA-seq or Microarray data.),跟蹤、分析和可視化抗癌免疫狀態和腫瘤浸潤免疫細胞在七步癌癥免疫循環中的比例。
SEECancer:SEECancer數據庫提供了全面的癌癥進化階段特異性的體細胞事件(包括早期特異性、晚期特異性、復發特異性、轉移特異性、耐藥和藥物誘導的基因組事件)及其時間順序
其他參考資料:
lnc2Cancer:lncRNA相關腫瘤數據庫
Lnc2Meth:與疾病相關的lncRNA上的甲基化位點
Co-LncRNA:lncRNA與蛋白編碼基因的共表達網絡數據庫
文章解讀 |FACER:表觀遺傳染色質調節因子的綜合分子和功能表征
LncMAP:lncRNA-TF-gene調控網絡數據庫
腫瘤免疫研究的新工具--TIP