m6A修飾作為mRNA中一類分布最為廣泛的可逆修飾，其相關(guān)代謝與功能機(jī)制研究已經(jīng)取得了很大的進(jìn)展。包括m6A writer（寫碼器）——METTL3/14/WTAP，METTL16；eraser（消碼器）——FTO，ALKBH5；reader（讀碼器）——YTHDF1/2/3，YTHDC1，IGF2BPs等。這些m6A interactor的鑒定對(duì)于解析m6A的生物代謝過程與功能發(fā)揮反式具有重要意義。雖然已經(jīng)鑒定了如此多的m6A interactor，但是否還存在其他的相關(guān)互作蛋白，也是一個(gè)值得深入探討的問題。今天分析的這項(xiàng)研究，就是從系統(tǒng)鑒定m6A interactor的角度，利用體外RNA pulldown結(jié)合質(zhì)譜的方法，系統(tǒng)鑒定到一批m6A interactor，并且首次發(fā)現(xiàn)m6A排斥的蛋白。并且進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)，m6A interactor除了與RNA的修飾狀態(tài)相關(guān)外，同樣也存在RNA序列的依賴性，不同的m6A interactor雖然都與m6A修飾相關(guān)，但m6A修飾所在的上下游序列特征同樣也影響著與interactor的互作。
三言兩語(yǔ)
- 使用串聯(lián)的m6A修飾探針或者無(wú)修飾的對(duì)照探針，通過與不同細(xì)胞組分體外孵育，分離能與m6A探針或者對(duì)照探針結(jié)合的蛋白質(zhì)，結(jié)合蛋白質(zhì)質(zhì)譜技術(shù)，系統(tǒng)到21個(gè)m6A interactor，其中報(bào)告已經(jīng)報(bào)道的YTHDFs，IGF2BPs等。
2.鑒定到一個(gè)m6A排斥的interactor——G3BP1，即不與帶m6A修飾的探針結(jié)合，而與不帶m6A修飾的探針有很強(qiáng)的親和力。此外也發(fā)現(xiàn)m6A對(duì)G3BP1的排斥存在序列依賴性。進(jìn)一步針對(duì)G3BP1-m6A的功能分析發(fā)現(xiàn)，G3BP1可以結(jié)合mRNA，促進(jìn)其穩(wěn)定性。
3.鑒定到一個(gè)m6A親和的interactor——FMR1，它與帶m6A修飾的RNA探針有很強(qiáng)的親和力，進(jìn)一步的功能機(jī)制分析表明，F(xiàn)MR1-m6A互作參與mRNA翻譯調(diào)控。
PS.RNA上的修飾有近150種，理論上通過類似方法可以進(jìn)行各種類型RNA修飾interactor的系統(tǒng)鑒定。
Reference
- Edupuganti, R. R. et al. N(6)-methyladenosine (m(6)A) recruits and repels proteins to regulate mRNA homeostasis. Nat Struct Mol Biol 24, 870-878 (2017).
